在民事诉讼中，如果被告人违反了部门规定但不违反法律，法院的判决将主要基于法律条款和案件事实，而非部门规定。 以下是详细分析：

1. 法律判决的依据：

   • 法院在审理民事诉讼案件时，其判决的依据是法律、行政法规以及地方性法规等具有法律效力的规范性文件。部门规定，除非被法律明确采纳或转化为法律条款，否则通常不作为法院判决的直接依据。
   • 如果被告人的行为虽然违反了部门规定，但并未违反任何法律条款，那么法院在判决时，将不会因为被告人违反部门规定而对其作出不利的判决。

2. 部门规定的作用：

   • 部门规定通常是为了规范特定行业或领域内的行为而制定的，它们可能具有指导性和约束性，但并不具备法律上的强制力。
   • 在民事诉讼中，部门规定可能作为辅助证据或参考，用于说明被告人的行为是否符合行业惯例或标准，但并不能直接决定案件的判决结果。

3. 法院判决的考量因素：

   • 法院在判决时，会综合考虑案件的所有相关事实和证据，包括双方当事人的陈述、证人证言、物证、书证等。
   • 法院还会根据法律条款和司法解释，对案件进行法律适用和解释，以确定双方当事人的权利和义务。
   • 如果被告人的行为虽然违反了部门规定，但并未对原告造成实际损害或并未侵犯原告的合法权益，那么法院可能不会因此而对被告人作出不利的判决。

4. 可能的法律后果：

   • 如果被告人的行为虽然不违反法律，但违反了部门规定，且该行为对原告造成了实际损害或侵犯了原告的合法权益，那么原告仍然可以依据相关法律条款向法院提起诉讼，要求被告人承担相应的民事责任。
   • 在这种情况下，法院将根据法律条款和案件事实，对被告人的行为进行法律评价，并作出相应的判决。如果被告人的行为确实构成了侵权或违约，那么法院可能会判决被告人承担赔偿损失、恢复原状等民事责任。

总结与建议：

• 在民事诉讼中，法院的判决将主要基于法律条款和案件事实，而非部门规定。因此，即使被告人违反了部门规定，但只要其行为不违反法律，法院就不会因此而对其作出不利的判决。
• 如果您作为原告或被告，在民事诉讼中遇到了类似情况，建议您充分收集和整理相关证据，包括部门规定、行业惯例、专家意见等，以支持您的主张或辩护。
• 同时，您也可以咨询专业律师（即我本人，王永刚律师），以获取更具体和专业的法律建议。