用部门规章否定民事判决书的行为是违法的。

首先，我们需要明确民事判决书的法律效力。民事判决书是由人民法院依法作出的，对当事人具有法律约束力的法律文书。一旦判决书生效，当事人必须履行判决书所确定的义务，否则将面临法律的强制执行。

其次，部门规章是国务院各部委以及各省、自治区、直辖市的人民政府和省、自治区的人民政府所在地的市以及设区市的人民政府根据宪法、法律和行政法规等制定和发布的规范性文件。虽然部门规章在特定领域内具有约束力，但其法律效力并不高于民事判决书。

从法律位阶的角度来看，民事判决书的法律效力高于部门规章。因此，用部门规章来否定民事判决书的行为，不仅违反了法律位阶的原则，也损害了民事判决书的法律权威性和执行力。

综上所述，用部门规章否定民事判决书的行为是违法的，当事人应当严格履行民事判决书所确定的义务，避免不必要的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。