在同一个民事诉讼案件中，如果法人存在违法行为，同时政府职能部门也存在违法行为，法律对此有明确的规定和处理方式。以下从几个角度为您详细分析：

一、法人违法行为的法律责任

1. 民事责任：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人作为独立的民事主体，应当对其违法行为承担民事责任。这包括赔偿损失、恢复原状、赔礼道歉等。
   • 如果法人的违法行为给其他民事主体造成了损害，受损害方有权要求法人承担相应的民事赔偿责任。

2. 行政责任：

   • 如果法人的违法行为违反了行政法规，政府职能部门有权对其进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
   • 行政处罚的种类和幅度取决于违法行为的性质、情节以及造成的后果。

3. 刑事责任：

   • 在某些情况下，法人的违法行为可能构成犯罪，如单位犯罪。此时，法人及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能需要承担刑事责任。
   • 刑事责任的承担通常涉及罚金、有期徒刑等刑罚。

二、政府职能部门违法行为的法律责任

1. 行政责任：

   • 政府职能部门作为行政机关，其违法行为通常涉及行政不作为、滥用职权、违法行政等。
   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》和《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，政府职能部门因其违法行为给公民、法人或其他组织造成损害的，应当承担行政赔偿责任。
   • 同时，相关责任人员还可能受到行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。

2. 民事责任：

   • 在某些特殊情况下，政府职能部门的违法行为也可能构成民事侵权，需要承担民事赔偿责任。
   • 这通常发生在政府职能部门以民事主体身份参与民事活动时，如政府采购、政府投资等。

3. 刑事责任：

   • 如果政府职能部门的违法行为构成犯罪，如贪污受贿、滥用职权罪等，相关责任人员将承担刑事责任。
   • 刑事责任的承担将依据刑法的相关规定进行。

三、同一案件中法人与政府职能部门违法行为的处理

1. 分别处理：

   • 在同一民事诉讼案件中，如果法人和政府职能部门均存在违法行为，法院将分别根据各自的违法行为性质、情节以及造成的后果进行审理和判决。
   • 法人和政府职能部门将分别承担相应的法律责任，互不影响。

2. 共同诉讼或分别诉讼：

   • 如果法人和政府职能部门的违法行为给同一原告造成了损害，原告可以选择将两者作为共同被告提起诉讼，也可以选择分别提起诉讼。
   • 法院将根据原告的选择和案件的具体情况进行审理和判决。

四、建议与提醒

1. 保留证据：

   • 在面对法人和政府职能部门的违法行为时，务必保留好相关证据，如合同、交易记录、行政处罚决定书等。
   • 这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。

2. 及时咨询：

   • 如果您认为法人和政府职能部门的违法行为给您造成了损害，建议及时咨询专业律师，了解您的权利和救济途径。
   • 作为专注于行政纠纷和侵权纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和帮助。

3. 依法维权：

   • 在维权过程中，务必遵守法律法规，依法进行诉讼或申请行政复议等。
   • 避免采取过激行为或非法手段，以免给自己带来不必要的法律风险。