结论：在个体法人与政府职能部门在同一问题上均存在违法行为的情况下，诉讼时是可以单独起诉个体法人的，但具体是否应单独起诉或同时起诉两者，需根据案件具体情况、诉讼目的及策略来综合判断。
分析说明：
诉讼主体的独立性：
- 个体法人和政府职能部门在法律上是独立的主体，各自承担其法律责任。因此，当个体法人存在违法行为时，受害者或相关权益人有权单独对其提起诉讼，要求其承担相应的法律责任。
共同违法与单独诉讼：
- 即便个体法人与政府职能部门在同一问题上存在共同违法行为，这并不意味着必须同时起诉两者。诉讼策略的选择应基于案件的具体情况，包括证据收集、诉讼成本、诉讼风险等因素。
- 如果受害者或相关权益人认为单独起诉个体法人足以实现其诉讼目的，或者同时起诉两者可能增加诉讼复杂性和成本，那么选择单独起诉个体法人是合理的。
同时起诉的考量：
- 当然，如果个体法人与政府职能部门的共同违法行为对受害者或相关权益人造成了重大损害，且两者在违法行为中的责任难以区分，那么同时起诉两者可能更为合适。
- 同时起诉可以确保受害者或相关权益人获得全面的赔偿或救济，并有助于揭示违法行为的真相，促进法治社会的建设。
诉讼策略与目的：
- 在选择诉讼策略时，应充分考虑诉讼目的。如果目的是为了追究个体法人的法律责任，那么单独起诉个体法人即可。
- 如果目的是为了揭示整个违法事件的真相，或者为了获得更全面的赔偿或救济，那么可能需要考虑同时起诉个体法人和政府职能部门。
法律建议：
- 在决定是否单独起诉个体法人或同时起诉两者时，建议受害者或相关权益人咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
- 律师可以根据案件的具体情况、证据收集情况、诉讼成本等因素，为受害者或相关权益人制定合适的诉讼策略。
- 同时，受害者或相关权益人应积极收集证据，以支持其诉讼请求，并确保诉讼的顺利进行。
后续行动与注意事项：
- 在提起诉讼前，应确保已收集到充分的证据来支持诉讼请求。
- 诉讼过程中，应遵守法律程序，积极配合法院的工作，并按时提交相关证据和材料。
- 如果对诉讼结果不满意，可以在法定期限内提起上诉或申请再审等法律救济途径。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。