结论：员工被批捕后，用人单位能否合法开除该员工，需根据具体情况判断，主要取决于员工被批捕的原因、是否构成严重违反用人单位规章制度或被依法追究刑事责任等因素。
分析如下：
若员工被批捕且最终被依法追究刑事责任：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。这里的“被依法追究刑事责任”通常指的是劳动者被人民法院判处刑罚（包括主刑和附加刑）的情形。若员工被批捕后，最终被法院判决有罪并判处刑罚，那么用人单位有权依据此条款解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
若员工被批捕但未被依法追究刑事责任：
- 如果员工被批捕后，因证据不足、情节轻微等原因未被起诉或法院判决无罪，那么用人单位不能仅凭批捕决定就解除劳动合同。此时，用人单位需要评估员工的行为是否构成严重违反用人单位的规章制度。若员工的行为确实严重违反了规章制度，且该规章制度是合法有效的，用人单位可以依据规章制度解除劳动合同。但若员工的行为不构成严重违反规章制度，用人单位则不能随意解除劳动合同，否则可能构成违法解除，需要支付经济赔偿。
关于“严重违反用人单位规章制度”的认定：
- “严重违反用人单位规章制度”是用人单位解除劳动合同的法定理由之一。但这一理由的适用需要满足一定条件：首先，规章制度必须合法有效，即经过民主程序制定、内容合法、已向劳动者公示；其次，员工的行为必须确实违反了规章制度；最后，员工的行为必须达到“严重”的程度，即对用人单位的生产经营秩序、管理秩序等造成重大影响。
建议：
- 对于用人单位而言，在员工被批捕后，应首先了解批捕的原因和后续的法律程序进展。若员工最终被依法追究刑事责任，用人单位可以依法解除劳动合同；若员工未被追究刑事责任，用人单位则需要评估员工的行为是否构成严重违反规章制度，并据此作出决策。
- 在处理此类问题时，用人单位应确保决策程序的合法性和公正性，避免因程序不当而引发劳动争议。同时，用人单位也应加强与员工的沟通，了解员工的实际情况和想法，尽量通过协商解决问题。
后续行动：
- 若您作为用人单位面临此类问题，建议详细梳理员工被批捕的具体情况、规章制度的内容以及员工的行为表现等证据材料，以便更准确地判断是否可以合法解除劳动合同。
- 若您作为员工面临被开除的情况，且认为用人单位的解除行为违法，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
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