结论：股权转让被法院撤销后，已交所得税是否应退还，需视具体情况而定。若税务机关不予退还，企业可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自身权益。

详细分析：

1. 股权转让被撤销后的税务处理原则：

   • 股权转让行为一旦被法院撤销，原则上，该转让行为自始无效，相关税务处理也应随之调整。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条的规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。因此，若股权转让被撤销导致企业多缴了所得税，企业有权向税务机关申请退还。

2. 税务机关不予退还的情况及应对：

   • 情况一：税务机关认为不符合退税条件：税务机关可能基于各种理由（如认为股权转让虽被撤销，但所得税缴纳义务已实际发生且无法逆转）拒绝退还税款。此时，企业应仔细审查税务机关的拒绝理由，并准备相应的反驳证据和法律依据。
   • 应对策略：企业可以先向税务机关提出书面申请，详细说明退税的理由和依据，并附上相关证据材料。若税务机关仍不予退还，企业可以考虑提起行政复议或行政诉讼。在行政复议或行政诉讼过程中，企业需要充分阐述自己的观点，并提供充分的证据来支持自己的主张。

3. 企业起诉的流程与注意事项：

   • 起诉流程：若企业决定通过法律途径解决争议，首先需要准备起诉状和相关证据材料，然后向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，企业需要遵循法院的诉讼程序，按时提交证据、参加庭审等。
   • 注意事项：
     • 证据收集：企业应充分收集与股权转让、所得税缴纳及退税申请相关的所有证据材料，包括但不限于股权转让合同、税务申报表、完税证明、法院撤销股权转让的判决书等。
     • 法律适用：企业应准确理解和适用相关法律法规，确保自己的主张有充分的法律依据。
     • 诉讼策略：企业应根据案件的具体情况制定合适的诉讼策略，包括选择合适的诉讼时机、确定合理的诉讼请求等。

4. 特殊情况下的税务处理：

   • 股权转让部分被撤销：如果股权转让行为只是部分被撤销，那么税务处理可能更为复杂。此时，企业需要根据撤销部分与未撤销部分的比例来计算应退还的税款金额。
   • 税务机关已将税款上缴国库：如果税务机关在拒绝退还税款的同时，已将税款上缴国库，那么企业可能需要通过更复杂的法律程序来追回税款。这可能涉及与财政部门的沟通协调以及可能的国家赔偿程序。

建议：

• 及时咨询专业律师：在处理此类复杂税务争议时，企业应及时咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。
• 保持与税务机关的沟通：在申请退税和提起诉讼的过程中，企业应保持与税务机关的沟通，及时了解税务机关的意见和态度，以便调整自己的策略。
• 关注诉讼时效：企业应注意诉讼时效的问题，确保在法定期限内提起诉讼或申请行政复议，以免丧失维权机会。

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