在立案之后，如果经过侦查发现并没有违法行为或犯罪事实，司法机关会按照一系列严谨、公正的程序来处理这种情况，以保障公民的合法权益不受侵犯。以下是详细的处理流程：
一、全面审查与确认
司法机关首先会对案件材料进行全面、细致的审查，这包括报案记录、调查取证的结果等所有与案件相关的信息。审查的目的是以客观、严谨的态度评估案件情况，确认是否存在犯罪事实或违法行为。如果经过审查，确认没有犯罪事实或犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任，那么就会进入下一步的处理流程。
二、决定撤销案件或不起诉
在公安机关立案侦查阶段：
- 如果公安机关在侦查过程中发现没有犯罪事实，或者犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，他们会制作撤销案件决定书。这个决定书需要报县级以上公安机关负责人批准后执行。一旦决定撤销案件，公安机关会立即释放被采取强制措施的犯罪嫌疑人，并通知原批准逮捕的人民检察院。
在人民检察院自侦案件或审查起诉阶段：
- 人民检察院对直接受理的案件侦查终结后，或者审查公安机关移送起诉的案件时，如果发现没有犯罪事实，或者犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为，他们会作出不起诉决定。这个决定会公开宣布，并将不起诉决定书送达被不起诉人和其所在单位。如果被不起诉人在押，人民检察院会立即释放他们。公安机关如果对这个决定有异议，可以要求复议或提请复核。
在审判阶段：
- 如果案件进入了审判阶段，合议庭会认真审查所有证据。如果他们认为证据不足以证明犯罪事实存在，或者认定被告人无罪更为合理，他们会作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这个判决会立即释放被告人。
三、解除强制措施并通知当事人
无论是在哪个阶段决定撤销案件或不起诉，司法机关都会立即解除之前对当事人采取的强制措施，如拘留、逮捕等。同时，他们会书面通知被采取强制措施的人及其家属，告知他们撤销案件或不起诉的决定及其理由，以及当事人享有的诉讼权利和救济途径。
四、处理后续事宜
国家赔偿：
- 如果因为错误立案导致当事人遭受了经济损失，比如聘请律师进行辩护等合理支出，当事人有权依法申请国家赔偿。但是，这个申请需要按照国家赔偿法规定的程序和条件进行。
责任追究：
- 如果相关办案人员因为故意或重大过失导致错误立案，他们可能会面临内部的纪律处分等责任追究。这是为了提高办案的准确性和公正性，确保类似的情况不再发生。
总的来说，立案之后如果发现没有违法行为或犯罪事实，司法机关会依法撤销案件或作出不起诉决定，并妥善处理相关事宜。这个过程是严谨、公正的，旨在保障公民的合法权益和司法的公正性。