若案件已立案但经审查确认不存在违法行为，通常的处理方式是撤销案件。以下从不同角度进行详细分析：

1. 刑事案件角度

   • 在刑事诉讼中，立案是刑事诉讼的起始阶段，公安机关、人民检察院等侦查机关经过对报案、控告、举报等材料的审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，会予以立案。
   • 然而，如果在后续的侦查过程中，发现不存在犯罪事实，或者犯罪情节显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任的情形，侦查机关应当撤销案件。例如，原本以为是盗窃案件，经过调查发现是误拿他人财物，且及时归还，不存在非法占有的目的，那么就不构成盗窃罪，此时就应当撤销案件。
   • 对于人民检察院直接受理侦查的案件，如果发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任，同样应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。

2. 行政案件角度

   • 在行政执法领域，行政机关在接到举报、投诉或者自行发现违法行为线索后，经过初步调查认为符合立案条件的，会予以立案。
   • 但在进一步调查取证过程中，如果发现不存在违法行为，行政机关应当及时终止调查，并作出不予行政处罚的决定。例如，市场监管部门接到举报称某企业生产销售不合格产品，经过详细检测和调查，发现该企业的产品完全符合相关标准，不存在质量问题，那么市场监管部门就应当终止调查，不给予行政处罚。
   • 行政机关作出不予行政处罚决定后，应当将决定书送达当事人，并告知当事人有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。

3. 民事案件角度

   • 在民事诉讼中，立案通常是指法院对符合起诉条件的案件予以受理。如果法院在审理过程中发现原告的起诉缺乏事实依据，即不存在原告所主张的违法行为，那么法院会驳回原告的诉讼请求。
   • 例如，原告起诉被告侵犯其名誉权，但经过法庭调查和举证质证，发现被告并没有实施侮辱、诽谤等侵犯名誉权的行为，那么法院就会判决驳回原告的诉讼请求。
   • 驳回诉讼请求意味着原告的诉求没有得到法院的支持，但并不意味着案件本身被“撤销”，而是法院对案件实体问题作出了判决。

建议：如果遇到立案后发现无违法行为的情形，相关当事人可以积极配合侦查机关、行政机关或法院的调查工作，提供必要的证据和材料，以证明不存在违法行为。如有疑问，可直接向我咨询。