在农民工建筑施工合同涉及多个承包单位的情况下，开设农民工工资专用账户（专户），可按以下方式处理：

1. 明确总承包单位责任
   根据《保障农民工工资支付条例》及《工程建设领域农民工工资专用账户管理暂行办法》，总承包单位（施工总承包企业）是开设专户的法定义务主体。即使存在多个承包单位（如专业分包、劳务分包），总承包单位仍需以项目为单位开设专户，并监督分包单位通过该账户发放工资。
   操作建议：总承包单位与建设单位、开户银行签订三方监管协议，明确专户用途、资金管理规则及各方权利义务。

2. 分包单位参与专户管理
   若分包单位（如劳务公司）直接雇佣农民工，总承包单位需与分包单位签订委托支付协议，约定由总承包单位通过专户代发分包单位雇佣的农民工工资。
   关键点：

• 分包单位需按月编制工资支付表，经农民工签字确认后提交总承包单位；
  
• 总承包单位审核后，从专户直接将工资支付至农民工个人银行卡。

1. 多承包单位下的资金划拨规则
   若项目存在多个总承包单位（如联合体承包），需由联合体各方共同与建设单位、银行签订监管协议，明确资金划拨比例及专户管理责任。
   示例：A、B两家企业联合承包项目，可按合同约定比例（如60%、40%）分别划拨资金至同一专户，或分别开设专户并注明项目名称及联合体分工。

2. 合规性要求与风险防范

• 专户专用：专户资金仅用于支付农民工工资，不得挪作他用；
  
• 实名制管理：所有农民工需录入实名制系统，确保工资发放对象真实；
  
• 留存凭证：总承包单位需保存工资支付表、银行代发凭证等至少3年；
  
• 违规后果：若未开设专户或未通过专户发放工资，可能面临行政处罚（如罚款、列入失信名单），甚至承担拖欠工资的连带赔偿责任。

总结：多承包单位场景下，总承包单位需主导专户开设与管理，通过协议明确分包单位责任，并严格遵守资金划拨、实名制等合规要求。若涉及联合体承包，需提前协商资金管理方案并书面约定。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询细节。