同一合同下不同施工许可证是否需要开不同专户，需分情况讨论：

1. 若不同施工许可证对应独立核算的工程项目
   根据《保障农民工工资支付条例》及各地实施细则，若不同施工许可证对应的是独立核算、独立管理的工程项目（例如同一总包合同下分属不同标段，且各标段资金来源、成本核算完全独立），则建议为每个项目单独开设农民工工资专用账户。
   原因在于：专户的核心功能是确保工资专款专用，避免资金混同导致拖欠风险。若项目独立核算，单独开户可更清晰追踪资金流向，符合监管要求。

2. 若不同施工许可证属于同一工程项目的组成部分
   若多个施工许可证仅因施工许可分段办理（例如同一建筑主体因规模较大分阶段申领许可证），但实际属于同一合同、同一资金池、统一核算的工程项目，则无需单独开立专户。
   此时可通过同一专户管理工资支付，但需在银行系统中备注不同施工许可证对应的工资发放明细，并留存完整台账以备监管核查。

3. 地方性规定的特殊要求
   部分地区可能对专户开立有更严格的规定（例如要求“一证一户”），需以项目所在地住建部门、人社部门的最新文件为准。建议施工前主动咨询当地监管部门，避免因合规问题影响工程进展。

实务建议：

• 合同签订时，可在专用条款中明确专户开立规则，避免后续争议；
  
• 定期核对专户资金与施工许可证对应关系，确保工资发放与工程进度匹配；
  
• 保留资金划拨凭证、工资发放记录等材料，以应对可能的审计或投诉。
  

如有具体项目场景或地方政策疑问，可进一步向我说明细节，我会结合法规为您分析。