针对公司非法营运客车过了七年的情况，首先需要明确的是，非法营运客车是违法行为，无论时间过去多久，该行为的违法性不会因时间的流逝而消除。不过，具体如何处理，需结合实际情况和法律规定来综合分析：

1. 行政处罚的可能性：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，非法营运客车会面临行政处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、扣留或吊销相关证件等。
   • 即便非法营运行为已经过去七年，如果相关部门在后续监管中发现或接到举报，仍有可能对公司进行处罚。但需注意，行政处罚一般有时效限制，即违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚，法律另有规定的除外。不过，对于涉及安全、健康等领域的违法行为，时效限制可能有所不同，且如果违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。非法营运客车若持续存在或后续仍有类似行为，则可能不受此时效限制。

2. 刑事责任的风险：

   • 如果非法营运客车行为情节严重，如造成重大交通事故、严重扰乱市场秩序等，可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
   • 刑事责任的追究不受时间限制，只要犯罪行为被发现，且未超过追诉时效（根据犯罪性质和情节严重程度，追诉时效可能从五年到二十年不等，甚至更长），就可以依法追究刑事责任。

3. 民事赔偿的责任：

   • 如果非法营运客车在运营过程中造成他人损害，如交通事故导致人员伤亡或财产损失，公司可能需要承担民事赔偿责任。
   • 民事赔偿责任的追究同样不受时间限制，只要受害人在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼，就可以依法要求赔偿。

4. 建议措施：

   • 主动整改：如果公司确实存在非法营运客车的行为，且该行为已经停止，建议公司主动向相关部门报告，说明情况，并承诺今后严格遵守法律法规，不再从事非法营运活动。
   • 配合调查：如果相关部门已经对公司进行调查或准备进行处罚，公司应积极配合调查，如实提供情况，争取从轻或减轻处罚。
   • 法律咨询：鉴于非法营运客车行为的复杂性和法律后果的严重性，建议公司咨询专业律师，了解具体法律责任和应对策略，以便更好地维护自身权益。

总之，公司非法营运客车过了七年，仍然可能面临行政处罚、刑事责任和民事赔偿的风险。公司应高度重视此事，积极采取措施，确保今后合法合规经营。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。