在建设工程合同被认定无效后，已支付的款项是否需要返还，这主要取决于合同无效的原因、款项的性质以及双方的具体约定和实际情况。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同无效的原因：
- 如果合同因违反法律、行政法规的强制性规定（如未取得建设工程规划许可证等）而被认定无效，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。这意味着，如果已支付的款项属于因合同取得的财产，且能够返还，那么原则上应当返还。
- 如果合同因一方欺诈、胁迫或乘人之危等情形导致对方在违背真实意思的情况下订立而被认定无效，同样地，因该合同取得的财产也应当予以返还。
款项的性质：
- 如果已支付的款项是工程预付款或进度款，且工程尚未完成或已完成部分存在质量问题，那么根据合同无效后的处理原则，这些款项可能需要返还或折价补偿。
- 如果已支付的款项是定金或违约金，且合同中有明确约定，那么根据定金法则或违约金条款，这些款项的处理方式可能会有所不同。但需要注意的是，如果合同无效，定金条款和违约金条款也可能随之无效，除非这些条款本身不违反法律、行政法规的强制性规定。
双方的具体约定和实际情况：
- 如果双方在合同中明确约定了合同无效后款项的处理方式，那么应当按照约定执行。
- 如果双方没有约定或约定不明确，那么需要根据实际情况进行判断。例如，如果工程已经部分完成且质量合格，那么已支付的款项可能不需要全部返还，而是根据已完成工程的比例进行折价补偿。
法律建议：
- 在处理此类纠纷时，建议首先审查合同无效的具体原因和款项的性质，以确定是否需要返还已支付的款项。
- 如果合同中有明确约定，且约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么应当按照约定执行。
- 如果双方无法协商一致，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决纠纷。在诉讼或仲裁过程中，需要提供充分的证据证明自己的主张，并接受法院或仲裁机构的裁决。
可能的后果：
- 如果法院或仲裁机构认定需要返还已支付的款项，那么败诉方需要承担返还责任，并可能因此承担额外的诉讼费用或仲裁费用。
- 如果法院或仲裁机构认定不需要返还已支付的款项，那么胜诉方可以保留这些款项，但也需要承担相应的诉讼风险。
总结来说，建设工程合同无效后已支付的款项是否需要返还，取决于合同无效的原因、款项的性质以及双方的具体约定和实际情况。在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。