医院违规发放交通费后要求员工退回，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若交通费属于法定福利或合同约定：

   • 法律背景：根据《劳动法》及相关规定，用人单位应当按照国家规定和劳动合同约定，向劳动者支付劳动报酬和提供福利待遇。如果交通费是作为员工福利待遇的一部分，且已经明确写入劳动合同或医院规章制度中，那么医院在发放后要求退回可能构成违约或违法行为。
   • 法律建议：员工可以拒绝退回，并有权要求医院继续履行合同或支付相应的福利待遇。如果医院坚持要求退回，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 若交通费属于误发或违规发放：

   • 法律背景：如果医院由于内部管理失误或违规操作，错误地向员工发放了交通费，且该费用并不属于员工的法定福利或合同约定范围，那么医院在发现后有权要求员工退回。
   • 法律建议：在这种情况下，员工应当配合医院退回误发的交通费。虽然这可能给员工带来一定的不便，但为了避免法律纠纷和不必要的麻烦，建议员工按照医院的要求进行操作。如果员工对误发的原因或退回的金额有异议，可以与医院进行沟通协商，或者寻求法律援助以了解自己的权利和义务。

3. 若医院以不当理由要求退回：

   • 法律背景：如果医院以员工违反规章制度、工作表现不佳等不当理由要求退回已发放的交通费，而这些理由并不构成合法解除劳动合同或扣减工资福利的情形，那么医院的行为可能构成违法。
   • 法律建议：员工可以拒绝退回，并要求医院提供合法的依据。如果医院无法提供合法依据，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求医院承担相应的法律责任。

在处理此类问题时，员工还需注意以下几点：

• 保留证据：员工应当保留好与交通费发放和退回相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、医院通知等，以便在需要时证明自己的权益。
• 及时沟通：如果员工对医院的要求有异议或不清楚自己的权利和义务，应当及时与医院进行沟通协商，寻求解决方案。
• 寻求法律援助：如果员工在处理此类问题时遇到困难或无法与医院达成一致意见，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解自己的法律权益和可行的维权途径。

总之，医院违规发放交通费后要求员工退回是否合法，取决于交通费的性质、发放的原因以及医院的要求是否合法合理。员工在处理此类问题时应当保持冷静、理性，并依据相关法律法规和合同约定来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。