结论：物业对缴纳物业费的电梯卡永久使用，而未缴纳物业费的需要搁三天充磁的做法，其合法性需结合具体情况分析，一般而言，若该做法缺乏合同依据或法律依据，可能不合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、从物业服务合同的角度分析
合同约定优先：
- 物业服务合同是业主与物业公司之间约定服务内容和方式的法律文件。如果合同中明确规定了电梯卡的使用方式，包括缴纳物业费与电梯卡使用期限的关系，那么双方应按照合同约定执行。
- 若合同中并未规定未缴纳物业费需限制电梯卡使用或需定期充磁，则物业公司的做法可能构成违约，业主有权要求物业公司按照合同约定提供服务。
合同变更需协商：
- 如果物业公司希望变更合同中的相关条款，如改变电梯卡的使用方式，应与业主进行协商，并达成一致意见。未经业主同意，物业公司单方面改变服务方式可能构成违约。
二、从法律规定的角度分析
物业公司的服务义务：
- 根据相关法律法规，物业公司有义务按照合同约定为业主提供物业服务，包括电梯的正常运行和维护。限制电梯卡的使用或要求定期充磁，可能影响业主的正常生活，违反物业公司的服务义务。
业主的缴费义务与权利保障：
- 业主有义务按照合同约定缴纳物业费，但物业费的缴纳与电梯卡的使用不应直接挂钩，除非合同中有明确约定。物业公司不得通过限制电梯卡使用等方式强迫业主缴纳物业费。
- 若物业公司采取不当手段催缴物业费，业主有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
三、从实际操作的角度分析
合理性考量：
- 即使合同中未明确规定电梯卡的使用方式，物业公司的做法也应考虑其合理性。要求未缴纳物业费的业主每隔三天充磁电梯卡，可能给业主带来不便，甚至影响业主的正常生活。
替代方案：
- 物业公司可以采取其他合法、合理的方式催缴物业费，如发送催缴通知、与业主协商分期缴纳等，而不是通过限制电梯卡使用等方式。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 业主应仔细审查物业服务合同中的相关条款，了解电梯卡的使用方式以及物业费的缴纳与电梯卡使用的关系。
与物业公司协商：
- 如果业主对物业公司的做法有异议，可以与物业公司进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，业主可以向相关部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
总结来说，物业对缴纳物业费的电梯卡永久使用，而未缴纳物业费的需要搁三天充磁的做法，其合法性需结合物业服务合同的具体约定以及相关法律法规进行判断。若该做法缺乏合同依据或法律依据，可能不合法。业主应仔细审查合同条款，与物业公司协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。