承包土地合同的备注条款可以由一方持有，但从法律风险防控和合同履行的角度，建议双方各执一份完整的合同文本（含备注）。以下从不同角度展开分析：

1. 合同形式与备注的效力

根据《民法典》第四百六十九条，合同可采用书面、口头或其他形式，但承包土地合同涉及农村土地承包经营权等重要权益，法律明确要求必须采用书面形式（《农村土地承包法》第二十二条）。备注作为合同的补充条款，属于合同组成部分，其效力与主合同一致。

• 若备注仅由一方持有：从形式上看，合同仍可能成立（只要双方签字盖章），但持有方可能面临举证困难。例如，若发生纠纷，未持有备注的一方可能否认备注内容，此时持有方需证明备注是双方真实意思表示（如通过聊天记录、录音等辅助证据），否则可能承担不利后果。
  
• 建议操作：双方在合同中明确约定“备注条款与主合同具有同等效力”，并各执一份完整的合同文本（含备注），避免因单方持有导致效力争议。

2. 法律风险与实务建议

• 风险点：
  
  • 若备注涉及关键条款（如承包期限变更、租金调整、违约责任等），单方持有可能导致另一方对合同内容不知情，进而引发纠纷。
    
  • 在土地流转、征收补偿等场景中，备注内容可能直接影响权益分配，单方持有可能被认定为“未达成合意”，导致备注条款无效。
    
• 实务建议：
  
  • 明确备注的签署方式：备注需经双方签字或盖章确认，并注明签署日期，避免口头约定或单方添加。
    
  • 留存备份：除双方各执一份外，可由村委会、土地管理部门或第三方见证人留存副本，增强证据效力。
    
  • 公证或登记：若备注涉及重大权益变更（如土地用途改变），可申请公证或向相关部门备案，确保合法性。

3. 特殊情形处理

• 一方因客观原因无法持有：如一方为文盲或行动不便，可通过录音录像、第三方代书等方式固定备注内容，并由双方确认后留存证据。
  
• 备注与主合同冲突：若备注与主合同条款矛盾，根据《民法典》第五百四十四条，应以最后签署的条款为准，或通过补充协议明确优先顺序。

总结：承包土地合同的备注可以由一方持有，但为降低法律风险，建议双方各执一份完整合同，并确保备注条款经双方确认、留存充分证据。若涉及复杂权益安排，可进一步咨询具体操作细节。