结论：公证书办理将房产证中共同共有两人之一移出权利人，在提交法院时，一般可以作为有效证据，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度进行详细分析：

一、公证书的法律效力

公证书是由国家公证机构根据当事人的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。根据《中华人民共和国公证法》第三十六条：“经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外”。这意味着，公证书在法律上具有较高的证明力，通常会被法院采纳作为认定事实的依据。

二、房产证权利人变更的公证

在房产证中，共同共有人的变更通常涉及产权的转移或份额的调整。如果双方通过公证的方式，对房产证中共同共有人的变更进行了公证，那么这份公证书就记录了双方对产权变更的合意，并经过了国家公证机构的确认。在提交法院时，这份公证书可以作为证明产权变更事实的有效证据。

三、可能影响公证书效力的因素

尽管公证书具有较高的证明力，但在某些情况下，其效力可能会受到质疑或影响：

1. 公证程序违法：如果公证过程中存在违反法定程序的情况，如未核实当事人身份、未审查相关材料等，那么公证书的效力可能会受到质疑。

2. 存在相反证据：如果另一方当事人能够提供相反的证据，足以推翻公证书所证明的事实，那么公证书的效力可能会被否定。

3. 公证内容违法或违背公序良俗：如果公证书所证明的内容违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，那么公证书可能无效。

四、法律建议

1. 确保公证程序合法：在办理房产证权利人变更的公证时，应确保公证程序合法合规，避免出现程序违法的情况。

2. 保留相关证据：除了公证书外，还应保留与房产证权利人变更相关的其他证据，如协议、转账记录等，以备不时之需。

3. 及时咨询专业律师：如果涉及复杂的房产纠纷或法律问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，公证书办理将房产证中共同共有两人之一移出权利人，在提交法院时一般可以作为有效证据。但具体效力还需结合公证程序的合法性、是否存在相反证据以及公证内容是否违法或违背公序良俗等因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。