针对小区内部改造侵占业主公共区域的问题，您可以采取以下措施来维护自身权益：
初步协商与自治
- 直接沟通：首先，您可以尝试与负责改造的业主或相关方进行友好、直接的沟通，明确指出改造行为侵占了公共区域，违反了小区规定和全体业主的共同利益，要求其停止侵占并恢复原状。
- 业主委员会介入：若直接沟通无果，您可以向业主委员会反映情况。业主委员会作为业主自治组织，有责任和义务维护小区公共利益。业主委员会可以代表全体业主与相关方再次协商，要求其限期整改。
物业协助与管理
- 督促整改：物业服务企业依据物业服务合同，对小区公共区域负有管理和维护职责。您可以向物业投诉，要求其及时制止侵占行为，并向相关方发出整改通知，要求其在规定时间内恢复公共区域原状。
- 采取必要措施：若相关方拒不配合整改，物业可以采取进一步措施，如拍照、录像取证，并合理限制其相关权益（如暂停车辆进入小区等），但需确保措施的合法性与合理性。
向行政部门投诉
- 城管部门：若改造行为涉及违建或乱堆乱放等问题，您可以向当地城管部门投诉。城管部门会安排工作人员到现场调查核实，若情况属实，将依法对相关方进行处罚，并责令其恢复公共区域原状。
- 规划部门：若小区的公共区域规划经过相关部门审批，改造行为可能违反城市规划，您也可以向规划部门反映情况，要求其进行认定与处理。
法律手段
- 发送律师函：在侵占行为持续且协商、投诉均无效的情况下，您可以委托律师向相关方发送律师函，明确指出其行为的违法性、可能面临的法律后果，并要求其在一定期限内停止侵占、排除妨碍、恢复原状。
- 提起民事诉讼：若上述方式均无法解决问题，您可以以个人名义或由业主委员会代表全体业主向人民法院提起民事诉讼，要求相关方停止侵害、排除妨碍、恢复原状，并赔偿因侵占行为给其他业主造成的损失。诉讼过程中，您需提供充分证据证明侵占事实及影响，人民法院将依法作出判决。若相关方拒不执行判决，胜诉方可申请人民法院强制执行。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第二百八十六条：业主应当遵守法律、法规以及管理规约，相关行为应当符合节约资源、保护生态环境的要求。对于物业服务企业或者其他管理人执行政府依法实施的应急处置措施和其他管理措施，业主应当依法予以配合。业主大会或者业主委员会，对任意弃置垃圾、排放污染物或者噪声、违反规定饲养动物、违章搭建、侵占通道、拒付物业费等损害他人合法权益的行为，有权依照法律、法规以及管理规约，请求行为人停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失。
- 《物业管理条例》第五十条：业主、物业服务企业不得擅自占用、挖掘物业管理区域内的道路、场地，损害业主的共同利益。因维修物业或者公共利益，业主确需临时占用、挖掘道路、场地的，应当征得业主委员会和物业服务企业的同意；物业服务企业确需临时占用、挖掘道路、场地的，应当征得业主委员会的同意。业主、物业服务企业应当将临时占用、挖掘的道路、场地，在约定期限内恢复原状。
注意事项：
- 在整个处理过程中，务必保留好相关证据，如照片、视频或证人证言等，以便在处理此事时提供有力支持。
- 保持冷静与理性，避免与对方发生冲突或采取过激行为，应通过合法途径来维护自身权益和小区的公共利益。
希望以上建议能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。