刑事案件立案后羁押三年属于超期羁押，这是严重违反法定程序的行为，应当立即采取措施纠正，并依法追究相关人员的责任，同时保障被羁押人的合法权益。以下从多个角度详细分析：
一、超期羁押的违法性
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日。人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。
对于已经被逮捕的犯罪嫌疑人，如果案件需要继续侦查，且符合取保候审、监视居住条件的，可以依法变更强制措施。如果案件已经侦查终结并移送人民检察院审查起诉，或者人民法院已经受理案件并开始审理，那么犯罪嫌疑人、被告人就不应再被继续羁押。
羁押三年显然远远超出了法定羁押期限，属于超期羁押，是违法的。
二、超期羁押的处理措施
立即释放或变更强制措施：
- 对于被超期羁押的犯罪嫌疑人、被告人，应当立即释放。
- 如果案件仍需继续侦查或审理，但符合取保候审、监视居住条件的，可以依法变更强制措施。
追究相关人员责任：
- 对于超期羁押的责任人员，应当依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 这包括直接负责的主管人员和其他直接责任人员，如办案民警、检察官、法官等。
国家赔偿：
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》的规定，如果犯罪嫌疑人、被告人被超期羁押且最终被宣告无罪或案件被撤销的，他们有权向赔偿义务机关（通常是作出错误羁押决定的机关）申请国家赔偿。
- 赔偿范围包括被羁押期间的损失、精神损害抚慰金等。
三、被羁押人及其家属的应对措施
提出申诉或控告：
- 被羁押人或其家属可以向办案机关提出申诉或控告，要求纠正超期羁押的行为。
- 如果办案机关不予理会或处理不当，还可以向上一级机关或同级人民检察院提出申诉或控告。
申请取保候审或监视居住：
- 如果案件仍需继续侦查或审理，但被羁押人符合取保候审或监视居住条件的，可以依法向办案机关提出申请。
寻求法律援助或律师帮助：
- 被羁押人或其家属可以寻求法律援助或聘请律师提供法律帮助。
- 律师可以协助被羁押人提出申诉、控告、申请取保候审或监视居住等，并维护其合法权益。
四、预防超期羁押的建议
加强办案机关的内部监督：
- 办案机关应建立健全内部监督机制，确保案件在法定期限内办结。
- 定期对羁押案件进行审查，及时发现并纠正超期羁押的行为。
强化人民检察院的法律监督：
- 人民检察院应依法对羁押案件进行法律监督，确保办案机关依法行使职权。
- 对于发现的超期羁押行为，应及时提出纠正意见并督促整改。
提高办案人员的法律意识和业务素质：
- 加强对办案人员的法律培训和业务培训，提高其法律意识和业务素质。
- 确保办案人员熟悉并掌握相关法律法规和办案程序，避免超期羁押等违法行为的发生。