结论：在您单位欠承包方工程款且该款项被几个法院冻结的情况下，款项的支付需根据法院的冻结裁定及执行程序来确定，一般情况下，款项会按照法院的裁定和执行顺序支付给相应的申请执行人。
分析说明：
法院冻结的效力：
- 当法院对某笔款项进行冻结时，该款项在冻结期间内不得被擅自支付或转移。冻结的目的是为了保障将来判决的执行，确保申请执行人的权益能够得到实现。
- 在您的情况下，由于款项被几个法院冻结，这意味着可能有多个申请执行人（可能是承包方或其他债权人）向法院申请了强制执行，且法院均作出了冻结裁定。
款项的支付顺序：
- 款项的支付并非随意进行，而是需要遵循法院的裁定和执行程序。一般来说，法院会根据申请执行人的申请顺序、债权性质、债权金额等因素来确定款项的支付顺序。
- 如果多个法院对同一笔款项进行了冻结，且均要求执行，那么通常需要由上级法院或者通过协调机制来确定哪个法院的执行裁定具有优先效力，或者按照一定的比例分配款项。
承包方的权益：
- 作为工程款的债权人，承包方有权要求您单位支付欠付的工程款。如果承包方已经向法院申请了强制执行，并且法院已经作出了冻结裁定，那么承包方就有权按照法院的裁定和执行程序来获得款项。
- 如果款项被其他债权人先于承包方申请冻结并执行，那么承包方可能需要等待其他债权人的债权得到满足后，才能获得剩余的款项（如果有的话）。
特殊场景：
- 如果存在多个冻结裁定且相互冲突，或者您单位对冻结裁定有异议，您可以及时向法院提出执行异议或者申请复议，以维护自身的合法权益。
- 另外，如果您单位与承包方之间存在其他约定（如分期付款、担保等），且这些约定符合法律法规的规定，那么这些约定也可能影响款项的支付方式和顺序。
建议与行动：
- 及时与法院沟通：了解各个冻结裁定的具体内容、执行顺序以及可能的解决方案。
- 审查合同与约定：回顾与承包方签订的合同以及可能存在的其他约定，以确定是否存在影响款项支付的因素。
- 考虑法律途径：如果认为冻结裁定存在错误或者侵犯了自身的合法权益，可以考虑通过法律途径（如提出执行异议、申请复议等）来维护自身的权益。
在处理此类复杂情况时，建议您寻求专业法律人士的帮助，以确保您的权益得到妥善维护。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。