结论：挪用资金超过3个月，公司不一定会起诉员工，是否起诉取决于多种因素，包括公司意愿、资金性质、挪用金额、是否归还以及是否构成犯罪等。

分析：

1. 公司意愿：

   • 公司作为受害者，有权决定是否对挪用资金的员工提起诉讼。这通常取决于公司内部的决策流程、管理层态度以及公司对员工行为的容忍度。
   • 如果公司认为通过内部处理（如警告、罚款、解雇等）可以解决问题，或者出于维护公司形象、员工关系等考虑，可能不会选择起诉。

2. 资金性质与挪用金额：

   • 挪用资金的性质（如是否为公款、客户资金等）和挪用金额的大小，会影响公司是否选择起诉。一般来说，挪用金额越大，公司起诉的可能性越大。
   • 如果挪用资金涉及公司核心利益或大量客户资金，公司为了维护自身权益和客户信任，更可能选择起诉。

3. 是否归还与归还时间：

   • 如果员工在挪用资金后及时归还，且未对公司造成重大损失，公司可能考虑不起诉或减轻处罚。
   • 挪用资金超过3个月未归还，且金额较大，公司起诉的可能性会增加，因为这可能构成犯罪（如挪用资金罪）。

4. 是否构成犯罪：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
   • 如果员工的挪用行为符合上述构成要件，公司有权向公安机关报案，由公安机关立案侦查，并可能最终由检察院提起公诉。

建议：

• 对于员工：如果发现自己有挪用资金的行为，应尽快归还资金，并主动向公司说明情况，争取公司的谅解和处理。如果已经构成犯罪，应积极配合调查，争取从轻或减轻处罚。
• 对于公司：在发现员工挪用资金后，应尽快评估损失和影响，决定是否起诉。如果决定起诉，应收集好相关证据，及时向公安机关报案。同时，公司也应加强内部管理，防止类似事件再次发生。

后续行动：

• 如果你或公司面临类似情况，且需要更具体的法律建议或帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。