结论：甲方能否起诉乙方要求承担40万违约责任，需结合合同具体条款、乙方实际违约情况及法律规定综合判断。以下从不同角度分析：
一、合同条款效力角度
违约责任条款的合法性
根据《民法典》第五百八十五条，违约责任条款需满足：
- 合理性：违约金不得过分高于实际损失（通常不超过损失的30%）。若合同仅约定乙方违约责任（如未满5年退租需赔40万），但未约定甲方违约责任，可能被认定为“显失公平”，但不等同于条款无效。
- 明确性：条款需清晰约定违约情形（如“未满5年退租”）及责任范围（如固定金额或计算方式）。若条款模糊（如仅写“乙方违约需赔40万”），可能因约定不明被法院调整。
单方违约责任条款的效力
合同仅约定一方违约责任，不直接导致条款无效，但法院可能基于公平原则调整责任。例如：
- 若甲方无任何违约责任，乙方可主张条款显失公平，要求减少违约金；
- 若甲方已履行主要义务（如交付房屋），法院可能倾向于支持违约责任条款。
二、乙方违约事实角度
违约行为的认定
甲方需证明乙方存在“未满5年退租”的客观事实（如退租通知、搬离证据等）。若乙方能证明退租系因甲方违约（如未维修房屋、擅自涨租等），可能构成抗辩，无需承担违约责任。
实际损失与违约金的关系
即使乙方违约，甲方主张的40万违约金仍需与实际损失相当。例如：
- 若甲方实际损失仅为租金差额（如剩余租期租金10万），法院可能将违约金调减至合理范围；
- 若甲方能证明因乙方退租导致其他直接损失（如重新招租的中介费、装修损失等），可主张相应赔偿，但需提供证据。
三、法律程序与举证责任角度
甲方的举证责任
甲方需提供以下证据：
- 租赁合同（证明违约责任条款存在）；
- 乙方退租的证据（如书面通知、搬离视频等）；
- 实际损失的证据（如租金差额计算、中介费发票等）。
乙方的抗辩权利
乙方可主张：
- 合同条款显失公平，要求调整违约金；
- 甲方存在违约行为，导致乙方被迫退租；
- 违约金过高，请求法院减少（需提供甲方实际损失较低的证据）。
四、实务建议
对甲方的建议
- 核查合同条款是否明确约定违约情形及责任范围；
- 收集乙方退租的直接证据及实际损失的证明材料；
- 预估法院可能调整违约金的范围，避免主张过高金额导致诉讼风险。
对乙方的建议
- 若认为违约金过高，可积极举证甲方实际损失较低；
- 检查甲方是否存在违约行为（如未履行维修义务），作为抗辩理由；
- 考虑通过协商解决纠纷，降低诉讼成本。
总结：甲方能否起诉成功并获得40万赔偿，取决于合同条款的合法性、乙方违约事实的认定及实际损失的证明。建议双方先协商，若协商不成，甲方可起诉但需做好证据准备，乙方可积极抗辩。如有进一步问题，可直接向我咨询。