土地纠纷协议本身并不违法，但其合法性取决于协议内容是否符合法律规定以及签订程序是否正当。以下从不同角度为你详细分析：

1. 协议内容合法性
   若土地纠纷协议的内容符合《土地管理法》《民法典》等相关法律法规，例如：

   • 明确土地权属（如承包经营权、使用权等）；
     
   • 不违反土地用途管制（如禁止将农用地转为非农建设用地）；
     
   • 不损害国家、集体或第三人利益（如协议双方恶意串通侵占他人土地）；
     
   • 协议条款公平合理，不存在显失公平或欺诈、胁迫等情形，
     则该协议具有法律效力，受法律保护。

2. 签订程序正当性
   即使协议内容合法，若签订程序存在瑕疵，也可能影响其效力。例如：

   • 涉及集体土地时，未经过村民会议或村民代表会议讨论通过；
     
   • 涉及国有土地时，未依法办理审批、登记手续；
     
   • 协议双方未具备完全民事行为能力（如未成年人签订协议），
     此类协议可能因程序违法而被认定无效或可撤销。

3. 常见违法情形
   以下类型的土地纠纷协议可能涉嫌违法：

   • 以租代征：通过租赁形式规避土地征收审批，将农用地用于非农建设；
     
   • 非法转让：未经批准擅自转让土地使用权（如宅基地买卖给非本集体经济组织成员）；
     
   • 恶意串通：双方合谋通过协议损害国家、集体或他人利益（如低价转让土地以逃避债务）。
     此类协议不仅无效，还可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）甚至刑事责任（如非法转让、倒卖土地使用权罪）。

建议：
若你已签订或拟签订土地纠纷协议，可重点核查以下内容：

1. 协议是否明确土地权属、用途、期限等关键条款；
   
2. 签订程序是否符合法定要求（如集体土地需民主议定程序）；
   
3. 协议内容是否公平合理，是否存在显失公平或欺诈、胁迫情形。
   

如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体协议内容为你进一步分析。