如果发现土地协议书不合法，可以按照以下步骤处理，我将从协议效力认定、补救措施、法律责任承担三个核心角度为你详细说明：

1. 协议效力认定：先明确“不合法”的具体情形

土地协议书的合法性需从主体资格、内容、程序三方面判断，常见不合法情形包括：

• 主体不合法：如一方无土地处分权（如未经共有人同意处分共有土地）、无民事行为能力人签订协议；
• 内容违法：如协议约定“永久转让土地使用权”（违反土地使用权期限规定）、“改变土地用途”（如将耕地转为建设用地未获批）；
• 程序违法：如未依法办理土地审批、登记手续（如集体土地未经征收转为国有土地即转让）。

行动建议：
若协议存在上述情形，可向当地自然资源部门（原国土局）或法院申请确认协议无效。例如，若协议因“改变土地用途”违法，自然资源部门可依职权查处，法院也可在诉讼中直接认定协议无效。

2. 补救措施：根据协议状态选择不同路径

• 若协议未履行：
  可主张协议无效，要求返还已支付的款项或土地。例如，甲与乙签订集体土地转让协议，但未办理审批手续，甲可要求乙返还已付转让款。
• 若协议已部分履行：
  需根据“恢复原状可能性”处理。若土地已实际使用（如建房），可能需通过赔偿损失替代返还。例如，甲将耕地转让给乙建厂，协议无效后，乙需拆除厂房并恢复耕地，若无法恢复，需赔偿甲耕地损失。
• 若协议已完全履行：
  仍可主张无效，但需注意“时效限制”。根据《民法典》，请求确认合同无效不受诉讼时效限制，但返还财产、赔偿损失的请求可能受3年诉讼时效限制（自知道或应当知道权利受损之日起算）。

行动建议：
尽快收集协议原件、付款凭证、土地现状照片等证据，向法院起诉或与对方协商解决。若涉及集体土地，还需联系村委会或乡镇政府协助处理。

3. 法律责任承担：明确各方过错与赔偿范围

协议无效后，双方需根据过错承担责任：

• 若一方故意违法（如明知土地用途不能改变仍签订协议）：
  需赔偿对方全部损失（包括直接损失和可得利益损失）。例如，甲故意隐瞒土地为耕地的事实，与乙签订建厂协议，导致乙建厂被拆除，甲需赔偿乙建厂成本及预期利润。
• 若双方均有过错：
  按过错比例分担损失。例如，甲未核实土地性质，乙未如实告知，双方各承担50%责任。

行动建议：
在诉讼中，可申请法院委托评估机构对损失进行鉴定（如土地恢复费用、建筑物价值），以明确赔偿金额。

总结与提醒

土地协议不合法可能涉及行政处罚（如自然资源部门对违法用地的罚款）和民事赔偿双重责任，建议优先通过协商解决，若协商不成，务必在3年诉讼时效内向法院起诉。处理过程中需注意保留证据，避免因证据不足导致维权困难。

若有具体协议内容或纠纷细节，可进一步向我说明，我会为你分析协议违法点及维权策略。