被挂靠单位能否直接与发包单位结算需分情况讨论，核心取决于挂靠协议约定、法律关系性质及发包方是否知情或认可，具体分析如下：

1. 若挂靠协议明确约定被挂靠单位有权直接结算，且发包方知情并认可挂靠关系
   根据《民法典》第465条“依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力”，若挂靠协议中明确约定被挂靠单位可直接与发包方结算工程款，且发包方在签订合同时已知晓实际施工人为挂靠方（如通过书面确认、实际履行中直接对接挂靠方等），则被挂靠单位可直接结算。此时法律关系为：发包方→被挂靠单位（名义合同方）→挂靠方（实际施工方），结算行为符合三方真实意思表示，合法有效。

2. 若挂靠协议未约定结算权，或发包方不知情挂靠关系
   若挂靠协议未明确结算权归属，或发包方在签订合同时误以为被挂靠单位是实际施工方（即“表见代理”情形），则被挂靠单位直接结算可能面临法律风险：

   • 对发包方：若发包方善意（不知挂靠），其有权依据《民法典》第172条“表见代理”规则，主张与被挂靠单位的合同有效，要求被挂靠单位履行结算义务；
     
   • 对挂靠方：被挂靠单位结算后若未将款项转付挂靠方，挂靠方可依据《民法典》第985条“不当得利”或挂靠协议，起诉被挂靠单位返还工程款；
     
   • 行政责任：若挂靠行为违反《建筑法》第26条“禁止无资质或超越资质承揽工程”的规定，被挂靠单位可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿），但行政责任不影响民事结算权利。

3. 特殊情形：挂靠方以被挂靠单位名义实际施工，但发包方未支付工程款
   若工程已竣工验收，但发包方未支付工程款，挂靠方可依据《建设工程司法解释（一）》第43条，突破合同相对性，直接起诉发包方在欠付工程款范围内承担责任。此时被挂靠单位是否直接结算已无实际意义，挂靠方可通过法律途径直接主张权益。

实务建议：

• 对被挂靠单位：若需直接结算，应在挂靠协议中明确约定结算权，并要求发包方书面确认知晓挂靠关系；
  
• 对挂靠方：若被挂靠单位擅自结算后拒付款项，应及时固定证据（如挂靠协议、实际施工证明、结算文件等），通过诉讼主张权利；
  
• 对发包方：签订合同时应严格审查承包方资质，避免因挂靠关系导致合同效力争议。
  

如有具体案件细节（如挂靠协议内容、发包方知情情况等），可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性分析。