员工工伤就医时，单位确实应当保留就医时的单据。这一做法主要基于以下几个方面的考虑：
工伤认定与赔偿的依据：
- 就医单据是证明员工因工作受伤并接受治疗的重要证据。在申请工伤认定和后续的工伤赔偿过程中，这些单据将作为关键依据，用于证明员工的受伤情况、治疗过程以及所产生的医疗费用等。
- 如果单位没有保留这些单据，可能会导致在工伤认定或赔偿过程中缺乏必要的证据，从而影响员工的合法权益。
单位责任与义务：
- 根据相关法律法规，单位有义务为员工提供必要的医疗救治，并承担相应的医疗费用。保留就医单据是单位履行这一义务的重要体现，也是单位对员工负责的表现。
- 如果单位未能妥善保留就医单据，可能会被视为未履行其应尽的义务，从而面临法律责任。
避免纠纷与风险：
- 保留就医单据有助于避免在工伤赔偿过程中因证据不足而产生的纠纷。如果单位和员工在赔偿金额或赔偿项目上存在争议，就医单据可以作为客观、公正的证据来协助解决纠纷。
- 同时，保留就医单据也有助于单位更好地管理工伤事务，降低因工伤而产生的法律风险和经济损失。
具体建议：
- 及时收集与整理：单位应在员工就医后及时收集并整理所有相关的就医单据，包括但不限于医疗费发票、诊断证明、病历记录、用药清单等。
- 妥善保管与备份：单位应妥善保管这些单据，并考虑进行备份，以防单据丢失或损坏。同时，应建立相应的档案管理制度，确保单据的完整性和可追溯性。
- 积极配合与沟通：在工伤认定和赔偿过程中，单位应积极配合相关部门的工作，提供必要的就医单据和其他证据材料。同时，也应与员工保持沟通，确保员工了解赔偿进展和结果。
可能后果：
- 如果单位未能保留就医单据，可能会导致在工伤认定或赔偿过程中缺乏必要的证据，从而影响员工的合法权益。在极端情况下，单位甚至可能因此面临法律责任和经济损失。
因此，从保障员工权益、履行单位义务以及避免纠纷与风险的角度出发，单位应当保留员工工伤就医时的单据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。