在水渠上建房是否违法，核心在于是否依法办理了相关审批手续并获得了相关部门的批准。未经合法审批和许可，在水渠上建房通常会被认定为违法建设。以下从不同角度进行详细分析：
合法建设的情形
取得合法审批：
- 若建房者依法经过了水利部门、自然资源部门等相关部门的审批，并获得了相应的许可和规划手续，则在水渠上建房行为合法。例如，某些特殊用途的水上建筑，如用于科研、水文监测等公益目的的建筑物，在完成审批流程后可以建设。
符合特殊区域规定：
- 在某些特定区域，如规划的旅游度假区或水利风景区，按照统一规划和设计要求建设的水上设施（如水上餐厅、水上民宿），只要符合详细规划和建设规范，并办理了合法审批手续，就不属于违建。
违法建设的情形
未取得相关审批手续：
- 私自占用河道、湖泊、水库等水域（包括水渠）进行房屋建设，未经过相关部门审批，是违法的。因为水域受到严格管理和保护，涉及防洪、灌溉、供水、生态环境保护等公共利益。
违反法律法规和规划要求：
- 即使部分审批手续已取得，但若建设行为违反了水上建筑的相关规定或城市规划和建设管理要求，同样会被认定为违建。例如，在水渠保护范围内建设房屋，可能违反了水渠保护的相关法规。
擅自改变土地用途：
- 将水域擅自改为建设用地，违反了土地管理法规，也属于违法建设。水渠作为水域的一部分，同样受到土地管理法规的保护。
违建的法律后果
- 行政处罚：未经批准擅自在水渠上建房，可能会面临县级以上人民政府自然资源主管部门、水利部门等责令限期改正或者治理，并处以罚款。具体罚款数额根据违法情节和当地法规而定。
- 刑事责任：如果情节严重，构成犯罪的，如非法占用农用地罪等，还将依法追究刑事责任。
特殊情况说明与建议
- 虽然存在一些特殊情况，如某些村庄中的民宿等，但这些都需基于合法的审批和许可。一般情况下，未经合法审批和许可的水上建筑（包括水渠上的建筑）均被视为违建。
- 在进行水渠上的建设活动前，务必详细了解并遵守相关法律法规和规定，确保按照法定程序办理所有必要的审批手续并获得批准。这样可以有效避免违法建设带来的法律风险和经济损失。
总结：在水渠上建房是否违法，关键在于是否依法办理了相关审批手续。若未经合法审批和许可，则通常会被认定为违法建设，并可能面临行政处罚甚至刑事责任。因此，在进行此类建设活动前，请务必咨询并遵循相关法律法规和规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。