被朋友偷拿公章私章盖了借款协议，该借款协议不一定有效，其效力需结合具体情形判断。以下是对此问题的详细分析：

一、公章与私章的效力

公章和私章在正常情况下，分别代表公司或个人的意志，并具有确认文件真实性的法律效力。然而，当这些印章被他人偷拿并私自加盖在借款协议上时，就涉及到了印章的非法使用问题。

二、借款协议的有效性

借款协议的有效性主要取决于以下几个因素：借款人的真实意愿、借款事实的存在、协议的形式要件以及是否违反法律法规的强制性规定。在公章和私章被偷拿盖章的情况下，由于并非公司或个人的真实意愿，因此这一行为很可能影响借款协议的有效性。

三、具体情形的分析

1. 非真实意思表示导致无效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为需意思表示真实方为有效。若公司或个人无通过盖章签订借款协议的真实意愿，而是他人偷盖公章或私章，则不符合有效民事法律行为的构成要件，借款协议一般无效。

2. 表见代理的可能性：

   • 在某些特殊情况下，如果相对人有合理理由相信偷盖印章者有代理权，如持有公司空白授权书、工作证等证明文件，且相对人善意无过失，那么根据《民法典》的相关规定，借款协议可能因表见代理而被认定为有效。但这种情况较为罕见，且需要严格的证据支持。

3. 公司或个人事后追认：

   • 即使公章或私章被偷盖，若公司或个人事后以明示（如书面声明）或默示（如开始履行还款义务）方式追认借款协议，则借款协议亦被认定为有效。

四、实际处理建议

1. 及时采取措施保护权益：

   • 发现公章或私章被偷拿后，应立即报警并收集证据，如监控录像、证人证言等，以证明印章被盗用。

2. 寻求专业法律帮助：

   • 建议尽快联系我，获取针对性法律建议，并采取合适法律行动保护自身权益。同时，保留所有相关证据至关重要。

3. 法院审理与调查：

   • 在处理此类案件时，法院会进行全面审理和调查，包括笔迹鉴定、印章真伪鉴定等，以确定印章使用情况。因此，配合法院的审理和调查也是维护自身权益的重要环节。

综上所述，被朋友偷拿公章私章盖了借款协议，其效力并非一成不变，而是需结合多种因素进行综合判断。在一般情况下，由于非真实意思表示和可能的违法犯罪行为，借款协议可能无效。但在特定情况下，如表见代理和公司或个人事后追认，借款协议也可能被认定为有效。因此，在实际处理中，应依据具体情况采取相应措施，并寻求专业法律帮助以维护自身权益。