若调解违反法定程序，当事人可采取以下措施进行处理：

1. 提出异议并要求纠正
   在调解过程中，若当事人发现调解程序存在违法情形（如调解员未回避、未保障当事人陈述权等），应立即向调解组织或调解员提出书面或口头异议，要求其纠正程序错误。根据《人民调解法》第23条，当事人有权要求调解员回避或终止调解程序，若调解组织未及时处理，可进一步采取其他救济措施。

2. 拒绝签署调解协议
   若程序违法已影响调解结果的公正性（如未告知当事人权利义务、强制调解等），当事人有权拒绝签署调解协议。根据《民事诉讼法》第96条，调解协议需双方自愿达成，程序违法可能导致协议无效，当事人可明确表示“因程序违法不认可调解结果”。

3. 申请司法确认无效
   若已签署调解协议但发现程序违法，可向法院申请确认调解协议无效。根据《人民调解法》第33条，经司法确认的调解协议具有强制执行力，但若程序违法（如调解组织无资质、超越权限调解），法院可裁定不予确认或撤销确认裁定。

4. 提起诉讼或申请再审

   • 直接起诉：若调解涉及民事纠纷，当事人可绕过调解结果，直接向法院提起诉讼（如调解协议未履行或存在重大误解）。
     
   • 申请再审：若调解程序违法导致案件处理结果错误（如法院委托调解中违反法定程序），当事人可在知道程序违法之日起6个月内申请再审（《民事诉讼法》第207条）。

5. 向监管部门投诉
   若调解组织为行政机关、行业协会或仲裁机构下设的调解委员会，当事人可向其上级主管部门或行业协会投诉程序违法问题（如调解员收受贿赂、偏袒一方），要求对调解员或调解组织进行纪律处分。

温馨提示：程序违法可能影响调解结果的合法性，但需注意区分“程序瑕疵”与“根本性程序违法”。若程序违法未实质影响当事人权利（如调解笔录记录错误但双方认可内容），可能不构成撤销调解协议的理由。建议当事人在发现程序违法时，第一时间固定证据（如录音、书面异议记录），并咨询专业律师评估救济路径。