结论：公司长期组织周六培训是否合法，需根据具体情况判断，主要看培训是否属于工作时间、是否支付了加班费以及员工是否自愿参加等因素。以下从不同角度详细分析：
培训是否属于工作时间：
- 如果公司组织的周六培训被视为正常工作时间的延伸，即培训内容与工作直接相关，且公司要求员工必须参加，那么这种培训在法律上可能被视为加班。根据《劳动法》的相关规定，加班应当支付加班费，且加班时间受到严格限制（一般每日不超过一小时，特殊原因下每日不超过三小时，每月不超过三十六小时）。
- 如果培训被安排在休息日，但公司能够证明培训是员工自愿参加的，且培训内容并非直接与工作相关（例如，是提升员工个人技能的培训），那么这种培训可能不被视为加班，公司也无需支付加班费。然而，即便如此，公司也应尊重员工的休息权，避免频繁或强制性地安排此类培训。
是否支付了加班费：
- 如果公司组织的周六培训被视为加班，那么公司必须按照法律规定支付加班费。加班费的支付标准通常根据员工的工资水平和加班时间来确定，具体可参照《劳动法》第四十四条的规定。
- 如果公司未支付加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付应得的加班费及可能的赔偿。
员工是否自愿参加：
- 员工是否自愿参加培训也是判断公司行为是否合法的重要因素。如果公司强制员工参加周六培训，且未支付加班费或未给予相应的调休，那么这种行为可能违反了《劳动法》中关于保护劳动者休息权的规定。
- 员工有权拒绝非自愿的加班或培训安排，并可以向劳动监察部门或劳动仲裁机构寻求帮助。
建议：
- 对于公司而言，应合理安排培训时间，避免频繁占用员工的休息时间。如果确实需要安排培训，应确保培训内容与工作直接相关，并支付相应的加班费或给予调休。
- 对于员工而言，如果公司组织的周六培训侵犯了自己的休息权或未支付加班费，可以与公司进行沟通协商。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司长期组织周六培训且未支付加班费或未给予调休，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 员工也有权因此解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金。
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