在保险案件中，即便签单的是分公司、用印的是总公司，起诉时通常选择告总公司，主要基于以下法律逻辑和实务考量：

1. 总公司作为法人主体，承担最终法律责任
   根据《公司法》第十四条，分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。即使分公司实际签单，但因其无法独立承担法律责任，起诉总公司可直接锁定最终责任主体，避免因分公司财产不足导致执行困难。例如，若分公司账户无资金，法院可直接执行总公司的财产。

2. 用印行为代表总公司意志，构成表见代理
   若总公司印章用于合同签署，即使合同由分公司经办，法律上视为总公司对合同内容的认可。根据《民法典》第一百七十二条，相对方（如投保人）有理由相信分公司有权代理总公司签约的，总公司需承担合同责任。此时起诉总公司，符合“权利义务对等”原则。

3. 诉讼效率与执行便利性
   总公司通常资产更雄厚、注册地明确，起诉总公司可减少因分公司注销、迁移导致的诉讼风险。若仅起诉分公司，即使胜诉，也可能因分公司无独立财产而陷入“赢了官司拿不到钱”的困境。

4. 合同相对性原则的突破
   在保险合同纠纷中，若总公司通过文件、授权书等形式实际参与合同履行（如核保、理赔），或分公司行为构成职务行为，法院可能依据《民法典》第四百六十五条，突破合同相对性，直接认定总公司为合同主体。

实务建议：

• 若合同明确约定“分公司签约，总公司担责”条款，可直接起诉总公司；
  
• 若无明确约定，需收集总公司参与合同履行的证据（如授权文件、付款记录等），以证明总公司实际参与；
  
• 若分公司已注销，必须起诉总公司，因分公司注销后主体资格消灭。
  

如有具体案件细节（如合同条款、用印流程等），可进一步向我咨询，我会结合证据链为您分析诉讼策略。