结论前置：扣押工人工资两个月，在大多数情况下是不合法的，但也存在特定情况下的合法性。以下从不同角度进行分析：

一、不合法的情形

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”以及《工资支付暂行规定》第七条：“工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。”这些规定明确指出了工资应当按月、按时支付的要求。

如果用人单位无正当理由而扣押工人两个月的工资，就构成了无故拖欠工资的行为，这是违反法律法规的。在这种情况下，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通协商，要求支付拖欠的工资。
2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。
3. 申请劳动仲裁：还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的赔偿金。
4. 提起诉讼：对仲裁结果不服的，有权向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。

二、合法的特殊情形

尽管一般情况下扣押工资是不合法的，但也存在一些特殊情况下的合法性：

1. 法律法规允许：例如，当用人单位遇到非人力所能抗拒的自然灾害、战争等不可抗力因素，导致无法按时支付工资时，依据相关法律法规，这种情况下扣押工资是被允许的。但这种情况极为罕见，且需要用人单位提供充分的证据来证明。
2. 劳动合同约定：若劳动合同中有明确且合理的约定，或者用人单位依法制定的规章制度中有相关规定，并且这些约定或规定不违反法律法规的强制性规定，那么在特定情况下（如工资核算周期较长等合理原因）延迟支付工资，也可能被认定为合法。不过，这种情况对用人单位的举证要求较高，必须能够证明该约定或规定的合理性和合法性，且延迟支付的时间通常不会长达两个月。

三、可能面临的法律后果

如果用人单位无故扣押工人工资两个月，除了需要支付拖欠的工资外，还可能面临以下法律后果：

1. 行政处罚：根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资的，由劳动保障行政部门责令限期支付；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。情节严重的，还可能面临更严厉的行政处罚，如罚款等。
2. 刑事责任：如果用人单位的拖欠行为达到刑事责任的标准，如以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能构成拒不支付劳动报酬罪，依法追究刑事责任。

四、建议与措施

对于劳动者而言，如果遇到工资被扣押的情况，建议采取以下措施：

1. 保留证据：保留好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便在维权时提供证据支持。
2. 及时沟通：先与用人单位进行沟通协商，了解扣押工资的原因，并要求支付拖欠的工资。
3. 寻求帮助：如果协商无果，及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

总结与提醒：扣押工人工资两个月在大多数情况下是不合法的，劳动者应依法维护自己的权益。如果遇到此类情况，请及时采取措施，通过法律途径来解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。