结论：被执行人公司已进入破产重整程序时，案件是否应终结执行，需根据具体情况判断，但通常情况下，执行程序会中止，而非直接终结；若符合特定条件，也可能终结执行。以下为详细分析：
一、破产重整程序对执行程序的影响
执行中止：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》第十九条：“人民法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。”这意味着，一旦公司进入破产重整程序，针对该公司的执行程序原则上应当中止，以保障破产程序的顺利进行和所有债权人的公平受偿。
执行终结的例外：
- 虽然执行程序通常因破产重整而中止，但在某些特定情况下，执行程序也可能终结。例如，如果执行标的物不属于破产财产，或者执行程序本身存在违法情形等，法院可能裁定终结执行。然而，这些情况相对特殊，并非破产重整程序的常规结果。
二、破产重整程序中的执行程序处理
管理人接管与财产处置：
- 在破产重整程序中，管理人将接管债务人的财产和营业事务，并负责制定重整计划草案。在此期间，管理人可能会根据重整计划的需要，对债务人的财产进行处置或变现。如果执行程序中的标的物属于破产财产，且管理人认为有必要进行处置，那么执行程序的中止将为管理人的处置工作提供便利。
债权人会议与重整计划批准：
- 在破产重整程序中，债权人会议将审议并表决重整计划草案。如果重整计划获得债权人会议的通过，并经法院批准，那么债务人将按照重整计划进行债务清偿和资产重组。在此过程中，执行程序的中止将确保重整计划的顺利实施，避免因执行程序而干扰重整进程。
三、实务建议
关注破产重整进展：
- 作为执行申请人，应密切关注被执行人公司的破产重整进展，及时与管理人沟通，了解重整计划的制定和实施情况。这有助于判断执行程序是否有可能恢复或终结，并据此调整自己的诉讼策略。
申报债权并参与分配：
- 在破产重整程序中，债权人应及时向管理人申报债权，并按照重整计划的规定参与债务清偿。如果执行程序最终终结，且债权人在破产程序中获得了清偿，那么执行申请的目的也就得到了实现。
考虑其他救济途径：
- 如果执行程序因破产重整而中止或终结，且债权人在破产程序中未能获得充分清偿，那么债权人可以考虑通过其他救济途径来维护自己的权益，如提起侵权之诉或追究相关责任人的民事责任等。
四、特殊情况说明
- 如果被执行人公司进入破产重整程序后，经审查发现其并不具备重整价值或重整计划无法实施，法院可能裁定宣告其破产并转入破产清算程序。在此情况下，执行程序可能因破产清算的进行而继续中止或终结，具体取决于破产清算的进展和法院的裁定。
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