结论：厂房租赁合同因无建设工程许可证而无效时，损失赔偿比例并非固定，而是需根据双方过错程度、实际损失情况及公平原则等多方面因素综合确定。以下是对此问题的详细分析：
一、合同无效的法律后果
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，因无建设工程许可证而无效的厂房租赁合同，从签订之日起就不具有法律效力，双方无需继续履行合同义务。然而，合同无效并不意味着双方无需承担任何责任，特别是因合同无效而给对方造成损失的，应当承担赔偿责任。
二、损失赔偿比例的确定原则
过错程度：损失赔偿比例的首要考虑因素是双方的过错程度。如果出租方明知厂房无建设工程许可证而仍然出租，或者承租方在签订合同时未尽到合理的审查义务，双方都可能存在一定的过错。过错程度越大，承担的赔偿责任也就越大。
实际损失情况：损失赔偿比例还需根据实际损失情况来确定。这包括直接损失（如租金损失、装修费用等）和间接损失（如因合同无效而错过的商业机会等）。在确定赔偿比例时，应充分考虑这些实际损失，确保赔偿金额能够合理弥补受损方的损失。
公平原则：在确定损失赔偿比例时，还应遵循公平原则。这意味着，赔偿比例应既不过高也不过低，而是应能够体现双方在合同无效中的责任大小，并确保受损方得到合理的补偿。
三、具体赔偿比例的考量因素
出租方的过错：如果出租方明知厂房无建设工程许可证而仍然出租，且未告知承租方，那么出租方应承担较大的赔偿责任。赔偿比例可能根据出租方的过错程度、承租方的实际损失情况等因素综合确定，可能达到承租方实际损失的大部分甚至全部。
承租方的过错：如果承租方在签订合同时未尽到合理的审查义务，或者明知厂房无建设工程许可证而仍然签订合同，那么承租方也应承担一定的责任。赔偿比例可能根据承租方的过错程度、出租方的实际损失情况（如因合同无效而导致的租金损失等）等因素综合确定。
双方协商：在合同无效后，双方也可以协商确定损失赔偿比例。如果双方能够达成一致意见，那么可以按照协商结果进行赔偿。
四、建议与注意事项
及时咨询专业律师：在处理此类合同纠纷时，建议及时咨询专业律师，以便更准确地了解自身权益和责任，并制定合理的诉讼策略。
保留相关证据：在合同无效后，双方应保留好与合同签订、履行及无效相关的所有证据，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
积极协商解决：在可能的情况下，双方应积极协商解决纠纷，以减少诉讼成本和时间成本。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
最后，厂房租赁合同因无建设工程许可证而无效时，损失赔偿比例需根据双方过错程度、实际损失情况及公平原则等多方面因素综合确定。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。