结论：员工在查出重大疾病治疗期间，公司能否辞退主要取决于员工是否处于医疗期内以及是否能胜任工作。在医疗期内，公司一般无权辞退；医疗期外若员工不能从事原工作或另行安排的工作，公司可依法辞退但需支付经济补偿；若存在严重过错情形，公司也有权辞退且无需支付经济补偿；若公司违法辞退，则需承担法律责任。以下是对此问题的详细分析：
一、医疗期内的保护
不得辞退的规定：
- 根据《劳动合同法》第四十二条第三款及《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得依据《劳动合同法》第四十条（无过失性辞退）和第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。
- 医疗期的长短根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，范围为三个月到二十四个月不等。例如，实际工作年限十年以下的，本单位工作年限五年以下为三个月，五年以上为六个月；实际工作年限十年以上的，本单位工作年限五年以下为六个月，五年以上十年以下为九个月，以此类推。
违法辞退的后果：
- 若公司在医疗期内违法辞退员工，员工有权要求继续履行劳动合同或要求公司支付赔偿金。
- 赔偿金标准通常为经济补偿标准的二倍。经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
二、医疗期外的处理
合法辞退条件：
- 若员工医疗期已满，且不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。
- 此时，公司需向员工支付经济补偿金，以及不低于六个月工资的医疗补助费。对于患重病和绝症的员工，医疗补助费还应适当增加。
需满足的条件及程序：
- 公司要辞退医疗期满的员工，需有充分证据证明员工不能从事原工作及另行安排的工作，通常需通过劳动能力鉴定等方式确定。
- 辞退过程需严格按照法律规定的程序进行，包括提前书面通知、额外支付工资及支付经济补偿等。
三、特殊辞退情形
- 即使员工在医疗期内，若存在以下严重过错情形，公司也有权依据《劳动合同法》第三十九条的规定辞退且无需支付经济补偿：
- 在试用期间被证明不符合录用条件的；
- 严重违反用人单位规章制度的；
- 严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
- 同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位工作任务造成严重影响或拒不改正的；
- 因劳动合同无效情形导致合同无效的；
- 被依法追究刑事责任的。
四、违法辞退的后果
- 若用人单位违反法律规定，在员工医疗期内或在其他不符合法定辞退条件下辞退员工，属于违法解除劳动合同。
- 此时，用人单位需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
五、建议与注意事项
- 保留证据：员工在医疗期内应保留好医疗证明、病历等相关证据，以证明自己处于医疗期内。
- 协商沟通：若公司提出辞退，员工应与公司进行协商沟通，了解辞退的具体原因和依据，并争取自己的合法权益。
- 寻求法律援助：若员工认为公司的辞退行为违法或不合理，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
总结：员工在查出重大疾病治疗期间，公司能否辞退需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益和法律规定，并在必要时寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。