工程款中若涉及保理款，核心处理方式需根据保理合同的具体约定及工程款支付的实际状况来综合判断，关键在于明确保理法律关系与工程款支付义务之间的关系。以下从不同角度为你详细分析：

1. 保理合同合法有效且已通知债务人（即工程款支付方）的情况

   • 若保理合同符合《中华人民共和国民法典》中关于保理合同的规定，即保理商与应收账款债权人（如工程承包方）之间存在真实、合法的应收账款转让关系，且已依法通知了债务人（工程款支付方，如建设单位或发包方），那么保理商有权直接向债务人主张工程款中的应收账款部分。
   • 在此情况下，工程款支付方在收到保理商的通知后，应当按照通知要求将相应款项支付给保理商，而非原债权人。若工程款支付方仍向原债权人支付，可能构成不当支付，保理商有权要求其再次支付或承担相应责任。

2. 保理合同存在瑕疵或未通知债务人的情况

   • 如果保理合同存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），或者保理商未依法通知债务人应收账款已转让的事实，那么保理商可能无法直接向债务人主张工程款。
   • 在此情况下，工程款支付方仍应按照与原债权人的约定支付工程款。若保理商试图通过法律手段追讨，可能面临败诉风险，而原债权人则需承担相应的法律责任。

3. 工程款支付方对保理款的抗辩权

   • 工程款支付方在面对保理商的支付请求时，有权基于其与原债权人之间的合同关系提出抗辩。例如，如果工程存在质量问题、工期延误等违约情形，工程款支付方可以主张减少或拒绝支付相应款项。
   • 若保理商在受让应收账款时已知悉这些抗辩事由，那么工程款支付方的抗辩权可能对保理商产生约束力。

4. 实际操作建议

   • 对于工程款支付方而言，在收到保理商的通知后，应仔细审查保理合同的合法性及通知的有效性，必要时可咨询专业律师以确认自身支付义务。
   • 对于保理商而言，在受让应收账款前，应充分了解债务人的信用状况及工程款的支付情况，确保保理合同的合法性和有效性，并及时通知债务人以保障自身权益。
   • 若双方在保理款支付问题上产生争议，建议通过协商、调解或诉讼等合法途径解决，以避免不必要的法律风险和经济损失。