政府将工程款支付到保理中心，承包方或相关方可根据具体情况采取以下措施：

1. 核查保理合同与工程合同条款
   首先需确认工程承包方是否与保理中心签订了有追索权保理合同或无追索权保理合同。若合同明确约定政府工程款直接支付至保理中心账户（如为应收账款转让融资），则需按合同履行；若未约定或未经承包方同意，政府单方支付至保理中心可能涉嫌支付对象错误，承包方有权要求政府纠正支付路径。

2. 区分保理类型，明确权利义务

   • 有追索权保理：保理中心向承包方融资后，若政府未足额付款，保理中心有权向承包方追偿未清偿部分。此时承包方需关注保理合同中的回购条款，避免因政府支付问题承担额外债务。
     
   • 无追索权保理：保理中心承担政府信用风险，若政府未付款，承包方原则上不承担还款责任。但需注意合同是否约定基础交易真实性审查义务，若承包方虚构工程款导致保理中心受损，可能需承担赔偿责任。

3. 向政府提出书面异议
   若政府支付行为违反《政府采购法》或工程合同约定（如未支付至承包方指定账户），承包方应立即向政府发出书面异议函，要求限期改正并支付至约定账户。同时保留工程验收单、结算文件等证据，以备后续维权。

4. 与保理中心协商解决方案
   若支付路径合法但影响承包方资金周转，可与保理中心协商调整还款计划或提前终止保理合同（需支付违约金）。若保理中心拒绝协商，承包方可根据合同约定主张权利，或通过诉讼/仲裁要求保理中心返还多收款项。

5. 启动法律程序维权

   • 若政府拒不改正支付路径，承包方可依据《民法典》第577条，以违约纠纷起诉政府，要求支付工程款及违约金。
     
   • 若保理中心存在违规操作（如虚构应收账款、挪用资金），可向银保监会或地方金融监管局举报，或以侵权纠纷起诉保理中心赔偿损失。

建议：立即梳理工程合同、保理合同及政府支付凭证，评估风险后选择上述措施。若涉及复杂交易结构或大额资金，建议委托律师介入，通过法律手段最大化维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。