有土地抵押的情况下，在建工程抵押可能不被受理，主要是因为土地和在建工程在抵押时存在法律上的关联性和权利冲突，以及银行或金融机构在风险控制上的考量。以下从几个方面详细解释：
一、法律上的关联性和权利冲突
土地与在建工程的不可分割性：
- 土地和在建工程在物理上和法律上都是紧密相连的。在建工程是建在土地上的，其存在和价值都依赖于土地。因此，当土地已经设定抵押时，再对在建工程进行抵押，就可能涉及到对同一财产的双重抵押，这在法律上可能产生权利冲突。
抵押权的优先性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，同一财产向两个以上债权人抵押的，拍卖、变卖抵押财产所得的价款依照登记的先后顺序清偿。如果土地已经抵押，且抵押权已经登记，那么后续对在建工程的抵押在清偿顺序上可能会处于不利地位，这增加了抵押权实现的风险。
避免权利冲突：
- 为了避免因双重抵押导致的权利冲突和清偿顺序问题，银行或金融机构在受理抵押时，通常会要求土地和在建工程一并抵押，或者如果土地已经抵押，则不再单独受理在建工程的抵押。
二、银行或金融机构的风险控制
风险评估：
- 银行或金融机构在受理抵押时，会对抵押物的价值、变现能力、权利状况等进行全面评估。如果土地已经抵押，且抵押率较高，那么再对在建工程进行抵押，可能会使整体抵押率过高，增加银行的风险。
贷款安全：
- 银行或金融机构发放贷款时，首要考虑的是贷款的安全性。如果土地和在建工程分别抵押给不同的债权人，那么在债务人无法履行债务时，银行可能面临与其他债权人之间的权利争夺，这不利于保障银行的贷款安全。
操作便利性：
- 从操作便利性的角度来看，银行或金融机构更倾向于处理单一抵押物，而不是同时处理土地和在建工程两个抵押物。这可以减少操作成本，提高处理效率。
三、实际操作中的建议
一并抵押：
- 如果可能的话，建议将土地和在建工程一并抵押给同一债权人。这样可以避免权利冲突和清偿顺序问题，降低银行或金融机构的风险。
解除原有抵押：
- 如果土地已经抵押，且希望对在建工程进行抵押，可以考虑先解除土地的抵押，然后再将土地和在建工程一并抵押给新的债权人。但需要注意的是，解除原有抵押可能需要支付一定的费用，且需要得到原有债权人的同意。
咨询专业律师：
- 在进行抵押操作前，建议咨询专业律师，了解具体的法律要求和操作流程。律师可以根据具体情况提供针对性的建议，帮助规避法律风险。
总结来说，有土地抵押就不能受理在建工程抵押的原因主要涉及到法律上的关联性和权利冲突，以及银行或金融机构在风险控制上的考量。在实际操作中，建议根据具体情况选择合适的抵押方式，并咨询专业律师以确保操作的合法性和安全性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。