在建工程抵押时，土地使用权通常是一并抵押的，不可以单独只抵押土地而不抵押在建工程。以下从法律依据、实际操作和特殊情况三个角度为您详细分析：

法律依据层面

• 《中华人民共和国民法典》第三百九十七条明确规定：以建筑物抵押的，该建筑物占用范围内的建设用地使用权一并抵押。以建设用地使用权抵押的，该土地上的建筑物一并抵押。抵押人未依据前款规定一并抵押的，未抵押的财产视为一并抵押。这一条款体现了“房地一体”的原则，即房屋和其占用范围内的土地使用权在抵押时是不可分割的。
• 《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十二条也规定：房地产转让、抵押时，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时转让、抵押。这一规定同样强调了房地一体原则在抵押中的适用。

实际操作层面

• 评估环节：在进行在建工程抵押评估时，评估机构会综合考虑土地价值和在建工程的建筑成本、预期收益等因素。土地的价值是评估的重要组成部分，因为土地的地理位置、用途、规划条件等都会对在建工程的整体价值产生重大影响。因此，从评估的角度来看，土地和在建工程也是不可分割的。
• 登记流程：办理在建工程抵押登记时，相关部门会要求在登记材料中明确土地的相关信息，包括土地的位置、面积、用途、使用权类型等。只有在土地信息清晰、合法的情况下，才会予以办理抵押登记手续。这确保了抵押权的设立具有明确的范围和依据，避免了后续可能出现的纠纷。

特殊情况说明

• 划拨土地的特殊处理：如果在建工程所占用的土地是划拨土地，情况则较为复杂。划拨土地是国家无偿提供给用地者使用的土地，一般用于公益事业或特定行业。在以划拨土地上的在建工程进行抵押时，需要经过相关部门的批准，并且可能需要补缴土地出让金。这是因为划拨土地的使用权具有一定的限制，不能直接进入市场流通，只有通过特定的程序将其转化为出让土地后，才能符合抵押的要求。但即便如此，划拨土地上的在建工程在抵押时，仍然是土地和在建工程一并抵押。
• 分别抵押的限制：虽然理论上土地和在建工程可以分别抵押，但在实际操作中，由于房地一体的原则，很难实现真正的分别抵押。即使分别办理了抵押登记，在实现抵押权时也会面临诸多困难。例如，当债务人无法履行债务时，抵押权人可能难以单独处置土地或在建工程而不影响另一方的权益。因此，在实践中，通常会将在建工程和其所占用的土地作为一个整体进行抵押。

法律建议：

• 在进行在建工程抵押时，务必确保土地使用权和在建工程一并抵押，以避免后续可能出现的法律纠纷。
• 如果对在建工程抵押的具体操作或法律条款有疑问，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。

可能后果：

• 如果单独只抵押土地而不抵押在建工程，可能会面临抵押权无效的风险，因为这违反了“房地一体”的原则。
• 在实现抵押权时，如果土地和在建工程没有一并抵押，可能会导致抵押权人难以单独处置土地或在建工程，从而影响其债权的实现。