结论：要让电动三轮车车主（主责）与机动车车主（次责）之间签订的协议具有法律效应，该协议需满足法律行为生效的一般要件，包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。同时，针对交通事故赔偿协议，还需特别注意协议内容的完整性和明确性。
详细分析：
法律行为生效的一般要件：
- 行为人具有相应的民事行为能力：双方车主均需具备完全民事行为能力，能够理解并承担协议中的权利和义务。若一方为限制民事行为能力人或无民事行为能力人，则需由其法定代理人代为签订或追认。
- 意思表示真实：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。若一方在签订协议时受到误导或强迫，则协议可能被撤销。
- 不违反法律或行政法规的强制性规定：协议内容不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得约定逃避法律责任、损害国家利益或社会公共利益等。
- 不违背公序良俗：协议内容应符合社会道德和公共秩序，不得违背公序良俗。
交通事故赔偿协议的特殊要求：
- 协议内容的完整性和明确性：协议应明确双方的责任划分、赔偿项目、赔偿金额、支付方式、支付时间等关键条款。对于电动三轮车车主主责、机动车次责的情况，协议中应明确各自承担的赔偿比例和具体金额。
- 赔偿项目的合理性：赔偿项目应包括但不限于医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费等。若造成残疾或死亡，还应包括残疾赔偿金、死亡赔偿金、被扶养人生活费等。
- 协议的履行和违约责任：协议中应明确双方履行协议的义务和违约责任。若一方未按照协议约定履行赔偿义务，另一方有权依法追究其违约责任。
协议签订的形式和程序：
- 书面形式：为了保障协议的证据效力，建议双方采用书面形式签订协议，并签字或盖章确认。
- 见证或公证：若条件允许，双方可以邀请第三方见证或进行公证，以增强协议的法律效力和可信度。
建议：
- 在签订协议前，双方应充分了解各自的权利和义务，以及协议的法律后果。
- 若对协议内容存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或法律机构，以确保协议的合法性和有效性。
- 签订协议后，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，避免产生不必要的纠纷和损失。
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