在机动车承担次要责任、电动正三轮摩托车承担主要责任的情况下，对第三方的赔付需根据事故责任比例，先由交强险赔付，不足部分由商业险或侵权人按责任比例承担。具体分析如下：

1. 交强险赔付
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，机动车和电动正三轮摩托车（若被认定为机动车需投保交强险）均需在交强险限额内优先赔付第三方损失，不区分责任比例。具体限额为：

   • 死亡伤残赔偿限额：18万元
     
   • 医疗费用赔偿限额：1.8万元
     
   • 财产损失赔偿限额：0.2万元
     若电动正三轮摩托车未投保交强险，则其需在交强险限额内全额承担赔偿责任，剩余部分再按责任比例分担。

2. 超出交强险部分的赔付
   交强险赔付后，剩余损失由机动车和电动正三轮摩托车按责任比例分担。通常主责方承担70%，次责方承担30%（具体比例以交警认定书为准）。例如：

   • 第三方总损失为50万元，交强险共赔付20万元（两车各10万元），剩余30万元由机动车承担30%（9万元）、电动正三轮摩托车承担70%（21万元）。
     
   • 若电动正三轮摩托车未投保交强险，则其需先承担10万元交强险责任，剩余30万元再按70%比例承担21万元，总计赔付31万元；机动车承担9万元。

3. 商业险的补充作用
   若机动车或电动正三轮摩托车投保了商业三者险，超出交强险部分由保险公司按合同约定赔付，不足部分由车主自行承担。例如：

   • 机动车商业险保额为50万元，则其需承担的9万元由保险公司直接赔付第三方；
     
   • 若电动正三轮摩托车未投保商业险，则其需自行承担21万元（或31万元，如未投保交强险）。

4. 特殊情形处理

   • 电动正三轮摩托车是否为机动车：若经鉴定属于机动车但未投保交强险，车主需在交强险限额内全额赔付，剩余部分按责任比例分担；
     
   • 第三方存在过错：若第三方对事故发生也有过错（如闯红灯），可能减轻侵权人责任，具体比例由法院综合判定；
     
   • 车主与驾驶人分离：若车辆所有人与驾驶人非同一人，且所有人存在过错（如明知车辆故障仍出借），所有人需承担连带赔偿责任。

建议：

1. 立即报警并保留事故认定书，明确责任比例；
   
2. 核对双方车辆保险情况，优先通过保险理赔；
   
3. 若对责任认定或赔付金额有争议，可委托律师介入谈判或诉讼。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。