若个人行为不构成犯罪，但扣押的钱款依法应归单位所有，处置方式需分情况讨论：

1. 若扣押行为本身合法，但钱款归属存在争议
   需通过民事程序确认权属。例如，若个人以单位名义扣押钱款（如职务行为），但单位否认归属或主张返还，个人应立即将钱款交还单位，并由单位通过民事诉讼（如不当得利之诉）向实际占有人主张权利。若个人私自扣押且拒不归还，即使行为不构成犯罪，单位仍可依据《民法典》第985条（不当得利返还请求权）起诉个人，要求返还钱款及孳息。

2. 若扣押行为因程序瑕疵导致合法性存疑
   需补正程序或承担行政责任。例如，行政机关工作人员扣押钱款时未出具法定文书（如扣押清单、决定书），虽不构成犯罪，但可能违反《行政强制法》第18条、第24条的程序规定。此时，单位应立即补正程序（如补发文书、说明理由），若因程序违法给相对人造成损失，还需依据《国家赔偿法》第4条承担行政赔偿责任，但钱款本身仍应归单位所有。

3. 若扣押行为涉及第三方权益（如代为保管、债务抵销）
   需通过协商或诉讼解决。例如，个人扣押钱款后，第三方主张对钱款享有优先权（如债权人申请财产保全），此时单位需与第三方协商或通过诉讼确认权属。若法院裁定钱款归第三方所有，单位需配合执行；若裁定归单位所有，个人应立即返还。

关键风险提示：

• 个人无权擅自处置应归单位所有的钱款，即使行为不构成犯罪，拒不返还仍可能触犯《民法典》第1165条（侵权责任）或《刑法》第270条（侵占罪，若数额较大且拒不交出）。
  
• 单位应建立完善的财物管理制度，明确扣押、保管、处置的审批流程，避免因个人行为引发法律风险。
  

如有具体案件细节（如扣押主体、钱款性质、程序瑕疵等），可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性方案。