扣押在案的违法所得财物，应当予以追缴或者责令退赔，并视情况上缴国库或返还被害人。以下是具体的处理方式和法律依据：

一. 追缴与退赔

• 对于扣押在案的违法所得财物，首先应当进行审查，确认其是否属于违法所得。
• 若确认属于违法所得，根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，应当予以追缴或者责令退赔。

二. 上缴国库

• 对于追缴的违法所得财物，除依法返还被害人的以外，应当一律上缴国库。
• 这体现了国家对违法所得的没收和处罚，以及对国家财政的补充。

三. 返还被害人

• 如果违法所得财物有明确的被害人，且被害人能够证明自己对财物拥有合法权益，那么这些财物在追缴后应当返还给被害人。
• 返还被害人既是对被害人权益的保护，也是对违法犯罪行为的纠正。

四. 法律依据

• 《中华人民共和国刑法》第六十四条明确规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”

综上所述，扣押在案的违法所得财物，应当依据法律规定进行追缴、退赔、上缴国库或返还被害人。这一处理流程既体现了法律的公正性，也保护了被害人的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。