您希望将农村房屋在百年之后才实际交付给儿子，但目前已经办理了过户手续，这种情况下，可以通过签订一份附条件的赠与协议或者遗嘱来明确您的意愿。 以下是两种方式的详细说明：
一、附条件的赠与协议
协议内容要点：
- 赠与人与受赠人信息：明确您（赠与人）和您儿子（受赠人）的姓名、身份证号码等基本信息。
- 赠与财产描述：详细描述农村房屋的具体位置、面积、结构、产权证号等信息。
- 赠与条件：明确赠与的条件是您去世后，房屋才实际交付给儿子，并办理相关产权变更手续。在此之前，房屋的使用权、收益权等可以约定由您保留或双方协商确定。
- 违约责任：约定如果任何一方违反协议约定，应承担的违约责任，如赔偿损失等。
- 争议解决方式：约定如果发生争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以提交仲裁机构仲裁或向人民法院起诉。
协议签订与生效：
- 协议应由您和您儿子双方签字或盖章确认，并注明签订日期。
- 协议自双方签字或盖章之日起生效，但赠与条件的成就（即您去世）是房屋实际交付和产权变更的前提。
二、遗嘱
遗嘱内容要点：
- 遗嘱人信息：明确您的姓名、身份证号码等基本信息。
- 财产描述：详细描述农村房屋的具体位置、面积、结构、产权证号等信息。
- 财产分配意愿：明确表示您去世后，该房屋由您儿子继承。
- 遗嘱执行：可以指定遗嘱执行人，负责在您去世后按照遗嘱内容处理房屋相关事宜。
- 签名与日期：遗嘱应由您亲笔签名或盖章，并注明立遗嘱的日期。
遗嘱形式与效力：
- 遗嘱可以采用自书遗嘱、代书遗嘱、录音遗嘱、口头遗嘱或公证遗嘱等形式。其中，公证遗嘱的效力最高。
- 为了确保遗嘱的合法性和有效性，建议您在立遗嘱时咨询专业律师或公证机构，并按照法定程序办理。
注意事项
- 产权清晰：在签订协议或立遗嘱前，请确保农村房屋的产权清晰，无争议或纠纷。
- 遵守法律法规：协议或遗嘱的内容应遵守国家法律法规和政策规定，不得损害国家、集体或第三人的利益。
- 及时更新：如果您的意愿或房屋状况发生变化，请及时更新协议或遗嘱内容。
建议您根据具体情况选择合适的方式，并在签订协议或立遗嘱前咨询专业律师，以确保您的权益得到充分保障。 如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。