结论：公司发放13薪，但其中1薪通过微信发放是否合规，这主要取决于公司是否依法履行了工资支付的相关义务，以及微信转账是否满足工资支付的形式要求。一般情况下，只要公司确保工资总额正确支付、依法代扣代缴个人所得税，并且微信转账作为支付方式不违反公司内部规定或相关法律法规，这种支付方式是可以接受的。但若公司存在利用微信转账逃避税务、社保等义务的情况，则可能构成违法。
分析说明：
工资支付形式：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。这里的“货币形式”并未明确限定必须通过银行转账，因此，从广义上讲，微信转账作为一种电子支付方式，也属于货币形式的一种。
- 然而，关键在于公司是否确保了工资支付的准确性和完整性，以及是否依法履行了代扣代缴个人所得税等义务。
微信转账的合规性：
- 合法性：微信转账本身并不违法，只要公司确保转账金额准确无误，且该金额已包含在劳动者的应发工资中，同时依法代扣代缴了个人所得税。
- 证据保留：微信转账作为支付凭证，其证据效力可能相对较弱。因此，公司应确保有完善的工资支付记录，包括转账截图、工资条等，以备劳动监察部门或劳动者查询。
- 公司内部规定：如果公司内部有明确规定工资必须通过银行转账支付，那么通过微信转账可能违反公司规定，但这并不直接构成违法，而是公司内部管理问题。
潜在风险：
- 税务风险：如果公司利用微信转账逃避代扣代缴个人所得税的义务，将可能面临税务部门的处罚。
- 社保风险：同样，如果公司未依法为劳动者缴纳社会保险费，而试图通过微信转账等方式规避，也将面临法律风险。
- 劳动者权益保护：微信转账可能使得劳动者在维权时面临证据收集困难的问题。因此，公司应确保提供充分的工资支付记录，以保障劳动者的合法权益。
建议与行动：
- 对公司：建议公司明确工资支付方式，并在劳动合同或公司规章制度中予以明确。如果选择微信转账作为支付方式，应确保转账金额的准确性、完整性，并依法履行代扣代缴义务。同时，应保留好相关转账记录作为支付凭证。
- 对劳动者：如果劳动者对公司通过微信转账支付工资的方式有疑虑，可以要求公司提供详细的工资支付记录，包括转账截图、工资条等。如果发现公司存在逃避税务、社保等义务的情况，可以向当地劳动监察部门或税务部门举报。
特殊场景：
- 如果公司通过微信转账支付工资时，存在故意少发、漏发或未依法代扣代缴个人所得税等情况，那么这种支付方式就是不合规的，劳动者有权要求公司补发工资并承担相应的法律责任。
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