老板通过微信发工资，在符合一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。微信支付作为一种电子支付方式，技术上满足货币支付的要求。
- 《中华人民共和国劳动合同法》及国内各省市地区发布的工资条例规定，用人单位应按时足额给员工发放工资，但并未明确规定具体支付方式。因此，若双方达成协议，且支付过程安全可追溯，微信发工资可视为合法。
双方约定：
- 如果劳动合同中明确约定了可以通过微信转账的方式发放工资，那么这种支付方式就是合法的。建议在劳动合同中详细列明工资支付方式及相关细节，以避免后续纠纷。
潜在问题与注意事项
证明力问题：
- 微信记录虽然可以作为证据，但与银行转账相比，在证明款项性质（明确为工资）方面可能较弱。因此，建议在微信转账留言或聊天记录中注明“工资”用途，以便在需要时提供证明。
- 取证和认证过程可能相对复杂，有时可能需要第三方（如腾讯公司）的配合来提供支付证明。
税务合规性：
- 无论通过何种方式发放工资，企业都应如实申报并缴纳税款。微信发工资同样需要确保税务申报的合规性，避免逃税嫌疑。
- 用人单位应依法履行代扣代缴个人所得税等义务，确保社保、个税缴纳基数准确无误。
操作建议：
- 为确保资金安全性和便于管理，建议优先通过正规银行渠道发放工资。银行转账具有更高的安全性和可追溯性，有助于减少潜在风险。
- 如果选择微信转账作为支付方式，应与腾讯公司保持沟通，以便在必要时能够迅速提供支付证明。
特殊规定与地区差异：
- 某些特殊行业或对资金管理有严格要求的企业，可能需要遵循特定的财务制度和规定，这些规定可能限制或禁止仅通过微信发放工资。
- 不同地区对工资发放的具体规定可能存在差异，因此用人单位在发放工资时应遵守当地的相关规定。
综合建议
虽然微信发工资在一定条件下是合法且便捷的，但为了保障双方的权益并减少潜在风险，我建议用人单位优先考虑通过正规银行渠道发放工资。同时，应完善劳动合同中的工资支付条款，确保支付的合法性与安全性。在选择支付方式时，应充分考虑税务合规性、证据保留以及操作便利性等因素。
如果您在工资发放方面遇到任何问题或纠纷，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。