在合法分包人起诉总包人的案件中，是否将发包人作为第三人，需根据具体情况综合判断，以下从不同角度进行分析：
一、法律支持将发包人列为第三人的情形
《民事诉讼法》第五十九条规定，对当事人双方的诉讼标的，第三人认为有独立请求权的，有权提起诉讼。对当事人双方的诉讼标的，第三人虽然没有独立请求权，但案件处理结果同他有法律上的利害关系的，可以申请参加诉讼，或者由人民法院通知他参加诉讼。在建设工程分包合同纠纷中，如果发包人与案件处理结果有法律上的利害关系，例如发包人可能因分包合同纠纷的判决结果而承担连带责任或影响其工程款的支付等，那么发包人可以作为无独立请求权的第三人参加诉讼。
从实体法律关系角度，如果分包合同纠纷的解决需要查明发包人与总包人之间的合同关系，或者发包人的行为（如未按时支付工程款）对分包合同的履行产生了影响，那么将发包人列为第三人有助于查明案件事实，保障分包人的合法权益。
二、不建议将发包人列为第三人的情形
如果分包合同纠纷与发包人无直接关联，例如纠纷仅涉及分包合同的具体履行细节（如工程质量、工期等），且这些细节与发包人无关，那么将发包人列为第三人可能增加诉讼的复杂性和成本，不利于纠纷的快速解决。
从诉讼效率角度，如果发包人并非必须参加诉讼的当事人，且其参加诉讼可能对案件审理产生不必要的延误或干扰，那么可以考虑不将其列为第三人。在这种情况下，分包人可以仅起诉总包人，要求其承担相应的法律责任。
三、实际操作建议
在决定是否将发包人列为第三人前，分包人应仔细审查分包合同、总包合同以及相关法律法规，评估发包人与案件处理结果的利害关系。如果发包人确实与案件有法律上的利害关系，且其参加诉讼有助于查明案件事实或保障分包人的合法权益，那么可以考虑将其列为第三人。
如果分包人决定将发包人列为第三人，应在起诉时明确提出这一请求，并说明发包人与案件处理结果的利害关系。同时，分包人应准备好相关证据材料，以支持其请求的合理性。
在诉讼过程中，分包人应密切关注案件进展，根据实际情况调整诉讼策略。如果发现将发包人列为第三人并不利于纠纷的解决或增加了不必要的诉讼成本，那么可以考虑申请撤回对发包人的起诉或与发包人达成和解协议。
总结来说，在合法分包人起诉总包人的案件中，是否将发包人作为第三人需根据具体情况综合判断。分包人应仔细审查相关合同和法律法规，评估发包人与案件处理结果的利害关系，并根据实际情况做出合理的诉讼决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。