结论：您已经偿还的20万元应当从对方起诉的65万元本金中扣除，您实际应偿还的金额应为45万元。若对方未扣除该20万元，您可以在应诉时提出抗辩，并提供相关证据证明已还款的事实。

分析说明：

1. 还款事实的认定：

   • 在合同纠纷中，还款事实是确定债务金额的关键因素。您已经偿还的20万元，如果能够提供充分的证据（如转账记录、收据、聊天记录等）证明这一事实，那么这20万元应当从对方起诉的65万元本金中扣除。

2. 应诉策略：

   • 抗辩理由：在应诉时，您可以提出“已部分还款”的抗辩理由，并附上相关证据，以证明您已经偿还了20万元。
   • 证据准备：确保您提供的证据真实、合法、有效，能够清晰地证明还款事实。例如，转账记录应显示收款方为对方，且转账金额与还款金额相符；收据应由对方出具，并明确注明还款金额和日期。

3. 法律后果：

   • 如果法院认定您已经偿还了20万元，那么对方起诉的65万元本金将相应减少至45万元。您只需对剩余的45万元承担还款责任。
   • 如果您未能提供充分证据证明已还款事实，或者法院未采纳您的抗辩理由，那么您可能需要按照对方起诉的65万元本金进行偿还。但这种情况较为少见，只要您能提供真实有效的证据，法院通常会予以采纳。

行动建议：

1. 收集证据：立即开始收集所有能够证明您已经偿还20万元的证据，包括转账记录、收据、聊天记录等。确保这些证据真实、完整、可追溯。

2. 咨询律师：虽然我已经为您提供了一些基本的法律建议，但合同纠纷案件往往涉及复杂的法律问题和证据规则。因此，我建议您在应诉前咨询一位专业律师，以便更全面地了解您的权利和义务，以及制定更有效的应诉策略。不过，既然您已经向我咨询，我会尽力为您提供帮助，如果您有任何进一步的问题或需要进一步的法律建议，请随时告诉我。

3. 准备应诉：在收集证据和咨询律师的基础上，准备应诉材料，包括答辩状、证据清单等。确保您的应诉材料充分、有力，能够有效地维护您的合法权益。