一辆车一天内多次超限运输，是可以分别立案的。以下从几个角度详细分析这一问题：

1. 法律原则角度：

   • 法律对于违法行为的处罚，通常是基于每次违法行为本身来进行的。超限运输作为一种违法行为，每次超限都构成了对交通法规的违反，因此理论上每次超限都可以独立成为一起案件。

2. 执法实践角度：

   • 在实际执法过程中，交通管理部门或相关执法机构会根据现场情况、证据收集等因素，对每次超限运输行为进行独立调查和处理。如果一辆车在一天内多次超限，且每次超限都有明确的证据支持，那么执法机构有权对每次超限分别立案，并依法进行处罚。

3. 处罚依据角度：

   • 超限运输的处罚依据通常包括超限的程度、超限的次数、是否造成危害后果等因素。对于多次超限的车辆，执法机构会根据每次超限的具体情况，依据相关法律法规进行处罚。如果每次超限都达到了立案标准，那么分别立案是合理的。

4. 实际操作建议：

   • 对于车主或驾驶员而言，应严格遵守交通法规，避免超限运输。如果确实需要运输超限货物，应提前办理相关手续，确保合法合规。
   • 如果一辆车在一天内多次超限被查处，车主或驾驶员应积极配合执法机构的调查和处理工作，如实陈述事实，提供相关证据。
   • 对于执法机构而言，在分别立案时，应确保每次立案都有充分的证据支持，避免重复立案或遗漏立案。同时，应依法进行处罚，确保法律的严肃性和公正性。

可能涉及的法律后果：

• 如果一辆车一天内多次超限运输且分别立案，车主或驾驶员可能面临多次罚款、扣分等处罚。具体处罚力度会根据超限的程度、次数以及是否造成危害后果等因素来综合确定。

总结与建议：

• 一辆车一天内多次超限运输是可以分别立案的，这符合法律原则和执法实践。
• 车主或驾驶员应严格遵守交通法规，避免超限运输行为的发生。
• 如果遇到相关法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。