结论：付款凭证只有部门负责人签字而法人未签字，是否有效需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果货物买卖合同中明确约定了付款凭证的签字要求，比如必须由法人签字或法人与部门负责人共同签字，那么在这种情况下，仅部门负责人签字而法人未签字的付款凭证可能不符合合同约定，其效力可能会受到质疑。此时，需要依据合同的具体条款来判断该付款凭证是否有效。
公司内部规定角度：
- 有些公司内部可能有明确的规定，要求付款凭证必须经过法人签字或特定级别的管理人员签字才能生效。如果这样的规定存在，并且该规定对合同双方都有约束力（比如作为合同附件或双方共同认可的公司规章制度），那么仅部门负责人签字的付款凭证可能不符合公司内部规定，从而影响其效力。
交易习惯与行业惯例角度：
- 在某些行业或交易习惯中，可能并不严格要求法人必须在付款凭证上签字，而是认可部门负责人或其他授权人员的签字。如果这种交易习惯或行业惯例在合同双方之间已经形成，并且没有违反法律法规的强制性规定，那么仅部门负责人签字的付款凭证可能是有效的。
实际履行与证据角度：
- 即使付款凭证上只有部门负责人签字，但如果双方在实际交易中已经按照该凭证进行了付款和收货，并且没有提出异议，那么该凭证在实际履行中可能被视为有效。此外，如果还有其他证据（如聊天记录、邮件往来等）能够证明双方对付款事宜达成了一致，那么这些证据也可以辅助证明付款凭证的有效性。
法律建议：
- 为了避免潜在的纠纷和风险，建议在货物买卖合同中明确约定付款凭证的签字要求，包括签字人员的级别、职务以及是否需要法人签字等。
- 在实际交易中，尽量确保付款凭证的签字符合合同约定和公司内部规定，以减少不必要的法律风险。
- 如果遇到付款凭证签字问题引发的纠纷，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。
可能的法律后果：
- 如果付款凭证因签字问题被认定为无效，可能会导致付款方无法证明其已经履行了付款义务，从而面临违约责任或赔偿损失的风险。
- 对于收款方来说，如果付款凭证无效，可能会影响其收款权益的实现，甚至需要采取法律手段来维护自己的合法权益。
因此，在处理货物买卖合同纠纷中的付款凭证签字问题时，需要综合考虑合同约定、公司内部规定、交易习惯与行业惯例以及实际履行与证据等多个因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。