违纪违法款未交齐的情况下，能否走主动登记上缴程序，需分情况讨论：

1. 若违纪违法行为尚未被发现或立案
   根据《中国共产党纪律处分条例》《中华人民共和国监察法》及相关实施细则，主动登记上缴违纪违法所得是法定的从轻、减轻或免除处罚情节。即使未交齐款项，只要在组织调查前主动说明问题、登记上缴部分款项，并配合后续调查，仍可能被认定为“主动交代”，从而获得从宽处理。但需注意：

   • 需在“被调查前”主动登记，若已被立案或谈话，则可能被认定为“坦白”而非“主动交代”；
     
   • 未交齐部分需在后续调查中补缴，否则可能影响从宽幅度。

2. 若违纪违法行为已被发现或立案
   此时主动登记上缴的性质会发生变化：

   • 若在立案后、审查调查阶段主动补缴：仍可能被认定为“配合调查”情节，但从宽幅度通常小于“被调查前主动登记”；
     
   • 若在审查起诉或审判阶段补缴：可能作为“认罪认罚”的考量因素，但已失去“主动登记”的法定从宽情节，需结合具体案情争取量刑优惠。

3. 关键风险提示

   • “主动登记”不等于“免责”：即使主动登记，仍需接受纪律处分或刑事处罚，仅是从宽情节；
     
   • 未交齐部分可能被追缴：若故意隐瞒部分款项，可能被认定为“未如实交代”，甚至构成“对抗审查”，加重处罚；
     
   • 程序合规性：需通过单位纪委、监察委或指定渠道登记，避免私下处理导致程序瑕疵。

建议行动步骤：

1. 立即梳理未交齐款项的金额、来源及去向，形成书面说明；
   
2. 通过单位合规渠道（如纪委、监察办）主动登记，并提交书面材料；
   
3. 配合后续调查，如实说明情况，避免隐瞒或虚假陈述；
   
4. 咨询专业律师，评估法律风险，制定补缴及辩护策略。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。